2016年营改增后，出现了一些新的问题，如加油卡适用法规问题。《关于营改增试点若干征管问题的公告》（国家税务总局公告2016年第53号）对商业预付卡的增值税征收进行了规制，但是在实践中，尤其是对加油卡的增值税及发票处理上和之前适用的法规存在较大差异，直接影响了纳税人的进项税抵扣。
原加油卡税务处理的文件依据是《成品油零售加油站增值税征收管理办法》（国家税务总局令第2号），其主要内容为：发售加油卡、加油凭证销售成品油的纳税人（以下简称“预售单位”）在售卖加油卡、加油凭证时，应按预收账款方法作相关账务处理，不征收增值税。预售单位在发售加油卡或加油凭证时可开具普通发票，如购油单位要求开具增值税专用发票，待用户凭卡或加油凭证加油后，根据加油卡或加油凭证回笼记录，向购油单位开具增值税专用发票。接受加油卡或加油凭证销售成品油的单位与预售单位结算油款时，接受加油卡或加油凭证销售成品油的单位根据实际结算的油款向预售单位开具增值税专用发票。
例：甲公司向X石化A加油站购买加油卡5000元，购买时A加油站可向甲公司开具价税合计5000元的增值税普通发票。如甲公司要求开具专用发票，只能在实际加油后（不一定在A加油站）根据加油回笼记录，由A加油站向甲公司开具相应金额的专票。实际加油的加油站（如X石化B加油站）根据结算的油款向A加油站开具增值税专用发票。
但是国家税务总局公告2016年第53号对于预付卡处理却发生了很大的变化，那么加油站在两个文件的适用上究竟该如何处理呢？
我们认为应适用《成品油零售加油站增值税征收管理办法》，理由如下：
首先，《加油站增值税管理办法》是部门规章，法律位阶显然要高于53号公告，在二者间对预付卡的税收规定存在不同的认定和处理规定的情况下，适用效力大的法律。
第二，《加油站增值税管理办法》是特别行业的规定，显然优于一般性商业预付卡的处理原则，因此，加油站行业应适用特殊法规。
第三，考虑到增值税链条实际抵扣的情况，如果按照53号公告，则出现无法开具专用发票，从而无法实现抵扣的问题，因此，应按照《加油站增值税管理办法》的规定，在实际加油后索取专用发票进行合法抵扣。
另外，根据《单用途商业预付卡管理办法（试行）》商务部令2012年第9号规定，动力燃料销售企业发行的用于为确定的生产经营性车辆兑付动力燃料的记名预付凭证，不适用本办法。
税务机关在加油卡的问题上应给予明确，统一口径，避免不确定性。
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