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根据《财政部 海关总署 税务总局 国家药品监督管理局关于抗癌药品增值税政策的通知》(财税〔2018〕47号)一、自2018年5月1日起，增值税一般纳税人生产销售和批发、零售抗癌药品，可选择按照简易办法依照3%征收率计算缴纳增值税。
个人以为，如果只是“代加工”，不符合上述简易计税条件，应当就其所收加工费按照13%税率缴纳增值税。个人理解，仅供参考；您也可直接与主管税务机关沟通一下。
根据《财政部国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）的规定，纳税人提供的直接或者间接国际货物运输代理服务免征增值税。1.纳税人提供直接或者间接国际货物运输代理服务，向委托方收取的全部国际货物运输代理服务收入，以及向国际运输承运人支付的国际运输费用，必须通过金融机构进行结算。2.纳税人为大陆与香港、澳门、台湾地区之间的货物运输提供的货物运输代理服务参照国际货物运输代理服务有关规定执行。3.委托方索取发票的，纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。
我的理解，这个补助款项按文件属于专门用于研发项目的资金，专款专用。
也就是按照立项的项目进行使用，攻克技术难关，争取研发出成果，专门用于研发，不能用于日常经营。
是否合理，需要您结合实际情况判断，真实交易，和取得收入相关，可以提供与取得收入相关合理的证据资料，就没有问题。
银行保函的作用在于为商业合同的一方提供保证，以消除另一方对履约意愿与履约能力的疑虑，确保基础交易的顺利完成。
所以收到保函只是一项保证，不需要做账务处理。
真实交易，合规纳税是目前大数据控税前提下首先要做到的，否则风险将非常容易识别。
建议以真实业务为前提，具体业务具体分析是否有合理筹划的空间。
借：应付职工薪酬-职工福利
贷：银行存款
借：成本费用（根据员工岗位区分）
贷：应付职工薪酬-职工福利
印花税可以直接计入“税金及附加”科目。房产工本费计入房产价值（固定资产或者投资性房地产）。
相关政策：
《财政部关于印发《增值税会计处理规定》的通知》（财会〔2016〕22号）
全面试行营业税改征增值税后，“营业税金及附加”科目名称调整为“税金及附加”科目，该科目核算企业经营活动发生的消费税、城市维护建设税、资源税、教育费附加及房产税、土地使用税、车船使用税、印花税等相关税费；利润表中的“营业税金及附加”项目调整为“税金及附加”项目。
《企业会计准则第3号——投资性房地产》
第七条 投资性房地产应当按照成本进行初始计量。
（一）外购投资性房地产的成本，包括购买价款、相关税费和可直接归属于该资产的其他支出。
上述账务处理是正确的，汇算清缴不需要纳税调整。
账面盈余公积属于被投资企业，在确定股权转让价格时会考虑账面净资产金额的，账面盈余公积无需处理。
一、发票管理办法规定，发票应当如实、及时开具，所谓“当地税局规定个人一年开票金额不超过一百万”，恐怕存在理解偏差。
二、若上述“实际收到利息300万”，乃是事实，您可提供相关证据，比如收款单据、银行流水、借款合同及相关流水等，向主管税务机关说明情况。
三、即使发票开具问题尚未沟通完成，收到利息就发生纳税义务，应当及时申报纳税，这样就不会产生滞纳金了。
