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借：银行存款
贷：预付账款（本金）
营业外收入（违约金+不含增值税利息）
应交税费——应交增值税（销项税额）（利息部分计提）
注：根据“财税〔2016〕36号”文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》相关定义，各种占用、拆借资金取得的收入，包括金融商品持有期间（含到期）利息（保本收益、报酬、资金占用费、补偿金等）收入、信用卡透支利息收入、买入返售金融商品利息收入、融资融券收取的利息收入，以及融资性售后回租、押汇、罚息、票据贴现、转贷等业务取得的利息及利息性质的收入，按照贷款服务缴纳增值税。
个人理解，仅供参考；您也可直接与主管税务机关沟通一下。
这样是错误的。
根据《中华人民共和国票据法》第十条：票据的签发、取得和转让，应当遵循诚实信用的原则，具有真实的交易关系和债权债务关系。
需要确认一下你们双方的合作协议主要内容是什么，对于合作是什么合作方式，一般合作要么成立新的合作主体，要么以其中一方作为运营主体。如果是以甲方为运营主体的话，收入应该全部确认为甲方收入，发票也由甲方开具，当然税金也是由甲方缴纳，然后甲方将分成款给予乙方，乙方如果是按协议分成款，可以理解为税后所得，按投资收益不缴纳增值税，不需要开票，如果按协议乙方提供了资金或者其他运营服务，可以按资金占用费或者服务费取得分成，开具相应票据。
总之还得看你们的协议内容，决定如何开票，计税。
根据契税暂行条例
第六条 有下列情形之一的，减征或者免征契税：
（一）国家机关、事业单位、社会团体、军事单位承受土地、房屋用于办公、教学、医疗、科研和军事设施的，免征；
您需要确认一下省级文物保护单位属于什么性质，如果满足条例所列情形，可以免。
根据“财税〔2016〕36号”文件附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》一、（六）计税方法。
一般纳税人发生下列应税行为可以选择适用简易计税方法计税：
3.电影放映服务、仓储服务、装卸搬运服务、收派服务和文化体育服务。
根据“财税〔2016〕36号”文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第十六条第三十四条相关规定，简易计税方法的应纳税额，是指按照销售额和增值税征收率（简易计税方法不叫“税率”）计算的增值税额，不得抵扣进项税额。增值税征收率为3%，财政部和国家税务总局另有规定的除外（仓储服务并无“另有规定”）。
综上所述，一般纳税人发生仓储服务可以选择适用简易计税方法计税，适用3%增值税征收率。
按照“财税〔2016〕36号”文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》相关定义，认证服务，是指具有专业资质的单位利用检测、检验、计量等技术，证明产品、服务、管理体系符合相关技术规范、相关技术规范的强制性要求或者标准的业务活动。
若属于上述情形，则适用6%增值税税率。
根据《财政部 国家税务总局关于明确金融 房地产开发 教育辅助服务等增值税政策的通知》（财税〔2016〕140号）十六、纳税人将建筑施工设备出租给他人使用并配备操作人员的，按照“建筑服务”缴纳增值税。
按照现行规定，建筑服务适用9%增值税税率。
