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您好！建议如下：
《国家税务总局关于加强增值税征收管理若干问题的通知》（国税发[1995]192号）第一条第三款规定：“纳税人购进货物或应税劳务，支付运输费用，所支付款项的单位，必须与开具抵扣凭证的销货单位、提供劳务的单位一致，才能够申报抵扣进项税额，否则不予抵扣”，在本条规定下，要求销货单位与收款单位必须保持一致，的确转付给材料商的其他债务方存在违背上述条款的风险。建议确定材料商账户被冻结的具体状态，因为司法纠纷而被冻结的账户仍然是可以向账户里面进行转款处理的，或打款到材料商的未被全面冻结其他一般账户中；根据《现金管理暂行条例（2011年修正）》：第五条 开户单位可以在下列范围内使用现金：（一）职工工资、津贴；（二）个人劳务报酬；（三）根据国家规定颁发给个人的科学技术、文化艺术、体育等各种奖金；（四）各种劳保，福利费用以及国家规定的对个人的其他支出；（五）向个人收购农副产品和其他物资的价款；（六）出差人员必须随身携带的差旅费；（七）结算起点以下的零星支出；（八）中国人民银行确定需要支付现金的其他支出。向材料商支付货款并不属于允许超额使用现金的范畴，因此不建议通过现金支票进行支付。
关键在于后续项目是否属于原《建筑工程施工许可证》或者原建筑工程承包合同组成部分。
根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号）附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》一、（七）3.一般纳税人为建筑工程老项目提供的建筑服务，可以选择适用简易计税方法计税。
建筑工程老项目，是指：
（1）《建筑工程施工许可证》注明的合同开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目；
（2）未取得《建筑工程施工许可证》的，建筑工程承包合同注明的开工日期在2016年4月30日前的建筑工程项目。
也就是说，您所说的“修门合同”，既然已经另立合同，不能适用原先简易计税政策。
一、代付款没有问题。
国家税务总局2016年5月26日视频会政策问题解答：“现行政策在住宿费的进项税抵扣方面，从未作出过类似的限制性规定，纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同而对进项税抵扣作出限制性规定。”
从国家税务总局解答来看，收款单位、开票单位、销货（服务）单位应当是一致的；而由谁来支付款项并无限制。当然，受票单位、付款单位若不一致，提供能够证明代付合理性的证据（比如上述授权委托书，说明代付理由）确也必要，以避免一些不必要的纠纷或者争议。
二、发票只能由“实际销售方”开给“实际购买方”。
如上所述，既然A公司为销售方，B公司为客户（购买方），则只能由A公司开具发票给B公司。
《中华人民共和国增值税暂行条例》、《中华人民共和国发票管理办法》规定，纳税人销售货物或者应税劳务，应当向索取增值税专用发票的购买方开具增值税专用发票，并在增值税专用发票上分别注明销售额和销项税额。开具发票应当一次性如实开具，与实际经营业务情况完全相符。就是说，谁采购，发票开给谁，谁销售，谁来开具发票；并未要求谁采购、谁付款。这里最关键的是业务实质，业务发生了没有，谁是实际的销售方，谁是实际的采购方。
一、根据《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》（财政部 税务总局 海关总署公告2019年第39号）一、增值税一般纳税人发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用16%税率的，税率调整为13%；原适用10%税率的，税率调整为9%。
即：农业产品目前增值税税率9%。
二、依据《财政部 国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字〔1995〕52号）相关规定：（农业产品）茶叶是指从茶树上采摘下来的鲜叶和嫩芽（即茶青），以及经吹干、揉拌、发酵、烘干等工序初制的茶。本货物的征税范围包括各种毛茶（如红毛茶、绿毛茶、乌龙毛茶、白毛茶、黑毛茶等）。
精制茶、边销茶及掺对各种药物的茶和茶饮料，不属于本货物（农业产品）的征税范围（属于一般货物，增值税税率13%）。
如此操作并不违反税法。
国家税务总局2016年5月26日视频会政策问题解答：“现行政策在住宿费的进项税抵扣方面，从未作出过类似的限制性规定，纳税人无论通过私人账户还是对公账户支付住宿费，只要其购买的住宿服务符合现行规定，都可以抵扣进项税。而且，需要补充说明的是，不仅是住宿费，对纳税人购进的其他任何货物、服务，都没有因付款账户不同而对进项税抵扣作出限制性规定。”
从国家税务总局解答来看，收款单位、开票单位、销货（服务）单位应当是一致的；而由谁来支付款项并无限制。当然，受票单位、付款单位若不一致，提供能够证明代付合理性的证据（比如上述授权委托书，说明代付理由）确也必要，以避免一些不必要的纠纷或者争议。
一、若因公务，实报实销，则据实确认相关费用即可，但须取得公司抬头发票。
借：管理费用、销售费用等
应交税费——应交增值税（进项税额）（若因公务且以公司名义取得专用发票，依法可以抵扣）
贷：银行存款、库存现金
二、若与公务并无直接关联，而属于定额补助性质，则一并通过职工薪酬核算，不必发票；但需要依法扣缴个税。
根据《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）第二条规定，个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金所得”计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份‘工资、薪金所得’合并后计征个人所得税。公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
所有者权益包含实收资本、资本公积、盈余公积、未分配利润等。有实收资本肯定必须填写于“所有者权益”相关栏次。
甲公司是独立主体，那么费用是以甲公司的名义产生并支出的，既然甲的股东是A 和张三，那么甲公司事项的损益就已经按照各自持股比例进行分配或者承担了。对于发生的费用最终形成企业的损益，这样讲其实也就是按比例进行了负担。前期费用在张三名下是无法作为甲公司费用进行列支的，只能张三和A 协商共同负担，但不能进入甲公司的成本费用
需要建账，个人独资企业目前采用核定征收方式比较少了，一般都是核实征收，如果核定建议也建立账簿，以备未来变更时需要。每季度需报送财务报表
根据贵公司提供的资料“公司中方有一日籍员工，劳动合同与中方签订”，属于公司的聘用员工。
依据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号
第十条 销售服务、无形资产或者不动产，是指有偿提供服务、有偿转让无形资产或者不动产，但属于下列非经营活动的情形除外：
（二）单位或者个体工商户聘用的员工为本单位或者雇主提供取得工资的服务。
因此，上述业务属于聘用的员工为本单位或者雇主提供取得工资的服务，属于增值税非经营活动，不征收增值税，直接归还日方垫付那部分工资款即可。
不动产销售涉及增值税及附加、企业所得税、土地增值税以及印花税。
不动产增值税应该在不动产所在地深圳进行预缴，然后在机构所呼伦贝尔在地申报纳税。
土地增值税应向房地产所在地深圳主管税务机关办理纳税申报
其他税种在机构所在地呼伦贝尔申报缴纳。
