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这里包含两个应税项目：设计（6%）服务、加工（制作，13%）劳务，应当分别开票。
相关定义规定：
“财税〔2016〕36号”文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》：设计服务，是指把计划、规划、设想通过文字、语言、图画、声音、视觉等形式传递出来的业务活动。包括工业设计、内部管理设计、业务运作设计、供应链设计、造型设计、服装设计、环境设计、平面设计、包装设计、动漫设计、网游设计、展示设计、网站设计、机械设计、工程设计、广告设计、创意策划、文印晒图等。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》：加工，是指受托加工货物，即委托方提供原料及主要材料，受托方按照委托方的要求，制造货物并收取加工费的业务。
对方如此开票错误；其动机可能是房产税方面。房屋租赁与场地租赁，在增值税计税及抵税方面，其实并无影响；区别在于前者需要缴纳房产税，后者不需要缴纳。
根据《中华人民共和国发票管理办法》及其实施细则、《增值税专用发票使用规定》相关要求，开具发票必须“票实相符”，否则即为违规发票（甚至违法）。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第九条：纳税人购进货物、劳务、服务、无形资产、不动产，取得的增值税扣税凭证不符合法律、行政法规或者国务院税务主管部门有关规定的，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
建议您搜索、查阅一下《固定资产分类与代码》（GB/T 14885-2010）（太长，100多页、6万多字，没法给您全部粘这儿）。
其中：
表5 2020000办公设备
表14 2410000电子和通信测量仪器
表 36 3230000 电工、电子专用生产设备
您可根据实际情况，对照具体资产自行区分一下。
首先计入长期待摊费用，在剩余租期内进行摊销，计入制造费用；若尚未摊销完毕，则余额结转管理费用。若到期前需要装修，且装修完立即交付，则可直接确认管理费用。
借：长期待摊费用
贷：银行存款
借：制造费用
贷：长期待摊费用
借：管理费用
贷：长期待摊费用
或者直接
借：管理费用
贷：长期待摊费用
由《中华人民共和国企业所得税月（季）度预缴纳税申报表（A类）》格式及填报说明可知企业所得税预缴税额计算过程。
一、基本原则：按照累计金额计算。即截止本期应纳税额，减截止本期（上期）已纳税额，即为本期应补（纳）税额。
二、具体计算：
（一）利润总额+特定业务计算的应纳税所得额-不征税收入-免税收入、减计收入、所得减免等优惠金额-固定资产加速折旧（扣除）调减额-弥补以前年度亏损（税法口径）=实际利润额（即计税依据）
第4行“特定业务计算的应纳税所得额”：从事房地产开发等特定业务的纳税人，填报按照税收规定计算的特定业务的应纳税所得额。房地产开发企业销售未完工开发产品取得的预售收入，按照税收规定的预计计税毛利率计算的预计毛利额填入此行。
（二）实际利润额×税率（25%）=应纳所得税额
（三）应纳所得税额-减免所得税额-实际已缴纳所得税额-特定业务预缴（征）所得税额=本期应补（退）所得税额
也就是说，虽然当年亏损，然而若经上述调整（比如“+特定业务计算的应纳税所得额”），若作为计税依据的“实际利润额”（此非会计利润）仍为负数，自然可以不用缴纳企业所得税；若为正数，则需要依法缴纳。
需要依照市场公允原则确认转让收入；当然，受让方也可依据此原则确认受让成本。
政策依据：
《中华人民共和国税收征收管理法》第三十六条：企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。
《中华人民共和国增值税暂行条例》第七条 纳税人发生应税销售行为的价格明显偏低并无正当理由的，由主管税务机关核定其销售额。
《中华人民共和国企业所得税法》第四十一条 企业与其关联方之间的业务往来，不符合独立交易原则而减少企业或者其关联方应纳税收入或者所得额的，税务机关有权按照合理方法调整。
具体来讲，如果一公司从外部购入，且近期内向内部另一公司转让，则外部购入价显然就是市场公允价（另有别情除外），平价转让没有问题。但若一公司生产产品，按照成本价向内部另一公司转让，则显然并不合理（您一般不可能对外也是成本价销售，另有别情除外），而需要依法纳税调整。
您的上述业务，其实乃是两步：
一、您公司建设厂房（无论将来如何，建设时是您公司的，这个很重要）。如果您公司并非免征增值税且为一般纳税人，则上述取得专用发票可以依法抵扣。
二、您的“产权还是我公司的”、“折旧在子公司计提”显然自相矛盾，但不必纠结于此，因为增值税无论如何都要缴纳。
（一）若为“产权还是我公司的”，则相当于免租使用。由于属于关联企业，税法上有明确的关联交易条款，须当依照市场公允原则确定税法口径的租金金额，并依法计税。
（二）若为“折旧在子公司计提”，则相当于销售给了子公司，销售环节需要依据关联调整原则定价，计算各税费。
总之，税法对此类业务规定还是严谨的，既可以依法抵扣，又需要依法计税，二者并不矛盾。
一、若为公务所用，应当计入固定资产。
借：固定资产
应交税费——应交增值税（进项税额）（取得增值税专用发票且依法可以抵扣）
贷：银行存款
根据《企业会计准则第4号——固定资产》第三条 固定资产，是指同时具有下列特征的有形资产：
（一）为生产商品、提供劳务、出租或经营管理而持有的；
（二）使用寿命超过一个会计年度。
二、若为员工购买并发放，则可作为职工福利核算。
借：应付职工薪酬——职工福利
贷：银行存款
借：成本费用
贷：应付职工薪酬——职工福利
此类职工福利应当依法扣缴个人所得税。
我们举例来看，容易说明清楚。比如次年实现利润3000万元，税法、会计各事项皆一致。
借：所得税费用 750万
贷：递延所得税资产 250万
应交税费——应交所得税 500万（假设上述亏损乃是税法口径，依法可以弥补）
政策依据：
《中华人民共和国企业所得税法》第五条：企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
第十八条：企业纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的所得弥补，但结转年限最长不得超过五年。
《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十条：企业所得税法第五条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。（即指“税法口径亏损”）
如果付款原因并非经营活动，向境外付款，付款对象为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，则可以不用发票，使用收款凭证及内部凭证、其他外部凭证、相关税费缴纳凭证作为税前扣除凭证。否则应当取得发票。
参考依据：国家税务总局关于发布《企业所得税税前扣除凭证管理办法》的公告（国家税务总局公告2018年第28号）
第九条 企业在境内发生的支出项目属于增值税应税项目（以下简称“应税项目”）的，对方为已办理税务登记的增值税纳税人，其支出以发票（包括按照规定由税务机关代开的发票）作为税前扣除凭证；对方为依法无需办理税务登记的单位或者从事小额零星经营业务的个人，其支出以税务机关代开的发票或者收款凭证及内部凭证作为税前扣除凭证，收款凭证应载明收款单位名称、个人姓名及身份证号、支出项目、收款金额等相关信息。
小额零星经营业务的判断标准是个人从事应税项目经营业务的销售额不超过增值税相关政策规定的起征点。
税务总局对应税项目开具发票另有规定的，以规定的发票或者票据作为税前扣除凭证。
第十条 企业在境内发生的支出项目不属于应税项目的，对方为单位的，以对方开具的发票以外的其他外部凭证作为税前扣除凭证；对方为个人的，以内部凭证作为税前扣除凭证。
企业在境内发生的支出项目虽不属于应税项目，但按税务总局规定可以开具发票的，可以发票作为税前扣除凭证。
第十一条 企业从境外购进货物或者劳务发生的支出，以对方开具的发票或者具有发票性质的收款凭证、相关税费缴纳凭证作为税前扣除凭证。
一、如果公司名义购买
（一）购买时缴纳契税、印花税
（二）持有期间缴纳房产税、土地使用税
（三）购买时取得发票，可以在企业所得税税前扣除（计提折旧）。
（四）如果厂房归于老板个人（公司资产终归老板个人，否则口径不一；打个比方：入到公司什么税也不交，但回不到老板本人名下，那老板也不能接受的）：公司涉及增值税、附加税费、印花税、土地增值税、企业所得税；老板涉及契税、印花税、个人所得税（以此分红或者实物工资等）。
二、如果老板名义购买、公司租赁
（一）购买时缴纳契税、印花税
（二）持有期间缴纳房产税、土地使用税
（三）租赁环节缴纳增值税、附加税费、印花税、个人所得税（即使签订无偿使用合同，税法层面亦有关联调整纳税规定）
综上所述，比较涉及众多因素，哪个便宜肯定不会完全一样，难以做到一概而论。
