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一、我先用通俗语言为您解释一下：既然核定征收，您是没有盈亏概念的；反过来讲，如果能计算盈亏，则已不符合核定征收条件了。
二、现在用税法解读：
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十条规定，企业所得税法第五条所称亏损，是指企业依照企业所得税法和本条例的规定将每一纳税年度的收入总额减除不征税收入、免税收入和各项扣除后小于零的数额。也就是说，这里的“亏损”，乃是税法口径的亏损。
《国家税务总局关于印发〈企业所得税核定征收办法〉（试行）的通知》（国税发〔2008〕30号）第六条 采用应税所得率方式核定征收企业所得税的，应纳所得税额计算公式如下：
应纳所得税额=应纳税所得额×适用税率
应纳税所得额=应税收入额×应税所得率
或：应纳税所得额=成本（费用）支出额/（1-应税所得率）×应税所得率
也就是说，核定征收方式下，根本产生不了税法口径的“亏损”，自然不涉及弥补问题了。
好的，现在分别回答您的问题。
一、可以因人分别选择是否适用“全年一次性奖金计税方法”。
根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）：居民个人取得全年一次性奖金……单独计算纳税。居民个人取得全年一次性奖金，也可以选择并入当年综合所得计算纳税。显然，此处主语乃是“居民个人”。
二、年终奖现在已经不可以减除“工资薪金所得低于税法规定的费用扣除额”差额部分。这件事情从《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）和《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）比较即可得出此结论。
根据《财政部 国家税务总局关于软件产品增值税政策的通知》（财税〔2011〕100号）一、 软件产品增值税政策
（一）增值税一般纳税人销售其自行开发生产的软件产品，按17%税率（现在改为13%）征收增值税后，对其增值税实际税负超过3%的部分实行即征即退政策。
也就是说，销售自行开发软件产品是有3%以上即征即退优惠政策的。
一、是否缴纳个人所得税，与资金来源关系不大。
二、根据《中华人民共和国个人所得税法实施条例》工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
如上所述，只是奖励本单位优秀人员，而不奖励路人，显然上述奖励“因任职或者受雇”。
三、根据《中华人民共和国个人所得税法》第一条、第四条相关规定，居民个人从中国境内和境外取得的所得，依照本法规定缴纳个人所得税。省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金，免征个人所得税。
因此，上述奖励属于个人所得税征收范围。
您好，内蒙古公车补贴政策比较特殊，当地的规定是符合条件的公务交通补贴是免税的。具体参见内财税[2016]376号。不过，该文件明确，免税的对象是机关等单位工作人员，企业是否适用，文件中并没有明确。不过，依常理，该免税政策不应当对企业单位有“歧视”，所以，应当同样适用企业单位。
依据：《内蒙古自治区财政厅地方税务局关于个人因公务用车制度改革取得的公务交通补贴收入有关个人所得税政策的通知》（内财税[2016]376号）
根据《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）及《内蒙古自治区党委办公厅 政府办公厅关于印发<内蒙古自治区公务用车制度改革总体方案>的通知》（内党办发〔2015〕50号）规定：
我区公务用车制度改革实施后，经自治区公务用车改革领导机构批准，各级党政机关(包括党委、人大、政府、政协、审判、检察机关，各民主党派和工商联，参照公务员法管理的人民团体、群众团体、事业单位有关人员在补贴标准内取得的公务交通补贴收入，允许计征个人所得税时在税前扣除。
《内蒙古自治区公务用车制度改革总体方案》所明确的补贴标准：根据关于边疆少数民族地区交通补贴标准不得高于中央和国家机关补贴标准的150%的规定，自治区本级公务交通补贴划分为7个层级，补贴标准上限为：正厅级每人每月1950元，副厅级每人每月1800元，正处级每人每月1200元，副处级每人每月1050元，正科级每人每月750元，副科级每人每月600元，科员及以下每人每月450元。
您好，也有可能是会计核算达不到要求。建议您可以咨询下主管税务局。
一、您上面所讲“善意取得”，其口径适用乃是法定，并非纳税人自己认为“并无恶意”。按照国家税务总局相关解释及目前现状，“善意取得”（这是个老的提法）在当前实际工作中已无适用情形，所以不再适用。
二、根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第八十二条规定，税收征管法第五十二条所称特殊情况，是指纳税人或者扣缴义务人因计算错误等失误，未缴或者少缴、未扣或者少扣、未收或者少收税款，累计数额在10万元以上的。您的情形从金额上符合此条规定。
三、根据《中华人民共和国税收征收管理法实施细则》第八十一条规定，税收征管法第五十二条所称纳税人、扣缴义务人计算错误等失误，是指非主观故意的计算公式运用错误以及明显的笔误。
所谓“善意取得”，目前既不适用，也非上述“计算错误”情形。
四、根据“国税函[2009]326号”文件规定，对偷税、抗税、骗税的，税务机关可以无限期追征其未缴或者少缴的税款、滞纳金或者所骗取的税款。税收征管法第六十四条第二款规定的纳税人不进行纳税申报造成不缴或少缴应纳税款的情形不属于偷税、抗税、骗税，其追征期按照税收征管法第五十二条规定的精神，一般为三年，特殊情况可以延长至五年。
综上所述，关键在于税务机关对于上述行为是否认定为偷税。若认定为偷税，则无限期追征；若认定为并非主观故意，则可存在追征期限。至于“是否认定为偷税”，则取决于主观方面、客观事实、相关证据等。
根据《财政部、国家税务总局关于若干农业生产资料征免增值税政策的通知》(财税[2001]113号)一、下列货物免征增值税：4.批发和零售的种子、种苗……农药、农机。
当然，关于上述“农业植保无人机”是否属于“农机”，则建议您直接联系主管税务机关确定一下。
注：按照《增值税部分货物征税范围注释》（国税发[1993]151号）规定，农机的范围包括拖拉机，土壤耕整机械，农田基本建设机械，种植机械（包括播作机、水稻插秧机、栽植机、地膜覆盖机、复式播种机、秧苗准备机械），植物保护和管理机械（包括机动喷粉机、喷雾机、弥雾喷粉机、修剪机、中耕除草机、播种中耕机、培土机具、施肥机），收获机械（包括粮谷、棉花、薯类、甜菜、甘蔗、茶叶、油菜等收获机），场上作业机械（包括各种脱粒机、清选机、粮谷干燥机、种子精选机），排灌机械（包括喷灌机、半机械化提水机具、打井机），农副产品加工机械（包括茶叶机械、剥壳机械、棉花加工机械、食用菌机械、小型粮谷机械），农业运输机械（包括人力车、畜力车和拖拉机挂车），畜牧业机械（包括草原建设机械、牧业收获机械、饲料加工机械、畜产品采集机械），渔业机械（包括捕捞机械、增氧机、饵料机），林业机械（包括清理机械、育林机械、树苗栽植机械），小农具。
这要区分单位部分还是个人部分，全套分录如下，可供参考。
借：生产成本、制造费用、销售费用、管理费用等（视员工岗位）
贷：应付职工薪酬——工资
应付职工薪酬——社保及公积金（单位部分）
借：应付职工薪酬——工资
贷：银行存款
应交税费——应交个人所得税
其他应付款——社保及公积金（个人部分）
借：应付职工薪酬——社保及公积金（单位部分）
其他应付款——社保及公积金（个人部分）
贷：银行存款
借：应交税费——应交个人所得税
贷：银行存款
