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如果用于员工与公务相关的培训，可以作为职工教育经费，在计算企业所得税税前扣除。
根据《财政部 税务总局关于企业职工教育经费税前扣除政策的通知》（财税〔2018〕51号）一、企业发生的职工教育经费支出，不超过工资薪金总额8%的部分，准予在计算企业所得税应纳税所得额时扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
按照规定，职工个人以本人上年度工资收入总额的月平均数作为本年度月缴费基数。职工的上年度工资收入总额是指，职工在上一年的1月1日至12月31日整个日历年度内所取得的全部货币收入，包括计时工资、计件工资、奖金、津贴和补贴、加班加点工资、特殊情况下支付的工资。
根据国家有关规定，下列项目不计入工资总额，在计算缴费基数时应予剔除：
(一)根据国务院发布的有关规定发放的创造发明奖、国家星火奖、自然科学奖、科学技术进步奖和支付的合理化建议和技术改进奖以及支付给运动员在重大体育比赛中的重奖。
(二)有关劳动保险和职工福利方面的费用。职工保险福利费用包括医疗卫生费、职工死亡丧葬费及抚恤费、职工生活困难补助、文体宣传费、集体福利事业设施费和集体福利事业补贴、探亲路费、计划生育补贴、冬季取暖补贴、防暑降温费、婴幼儿补贴(即托儿补助)、独生子女牛奶补贴、独生子女费、“六一”儿童节给职工的独生子女补贴、工作服洗补费、献血员营养补助及其他保险福利费。
(三)劳动保护的各种支出。包括：工作服、手套等劳动保护用品，解毒剂、清凉饮料，以及按照国务院1963年7月19日劳动部等七单位规定的范围对接触有毒物质、矽尘作业、放射线作业和潜水、沉箱作业，高温作业等五类工种所享受的由劳动保护费开支的保健食品待遇。
(四)有关离休、退休、退职人员待遇的各项支出。
(五)支付给外单位人员的稿费、讲课费及其他专门工作报酬。
(六)出差补助、误餐补助。指职工出差应购卧铺票实际改乘座席的减价提成归己部分;因实行住宿费包干，实际支出费用低于标准的差价归己部分。
(七)对自带工具、牲畜来企业工作的从业人员所支付的工具、牲畜等的补偿费用。
(八)实行租赁经营单位的承租人的风险性补偿收入。
(九)职工集资入股或购买企业债券后发给职工的股息分红、债券利息以及职工个人技术投入后的税前收益分配。
(十)劳动合同制职工解除劳动合同时由企业支付的医疗补助费、生活补助费以及一次性支付给职工的经济补偿金。
(十一)劳务派遣单位收取用工单位支什的人员工资以外的手续费和管理费。
(十二)支付给家庭工人的加工费和按加工订货办法支付给承包单位的发包费用。
(十三)支付给参加企业劳动的在校学生的补贴。
(十四)调动工作的旅费和安家费中净结余的现金。
(十五)由单位缴纳的各项社会保险、住房公积金。
(十六)支付给从保安公司招用的人员的补贴。
(十七)按照国家政策为职工建立的企业年金和补充医疗保险，其中单位按政策规定比例缴纳部分。
增值税、企业所得税各有不同规定。
一、增值税
根据“财税〔2016〕36号”文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第四十五条：增值税纳税义务发生时间为纳税人发生应税行为并收讫销售款项或者取得索取销售款项凭据的当天；先开具发票的，为开具发票的当天。收讫销售款项，是指纳税人销售服务、无形资产、不动产过程中或者完成后收到款项。取得索取销售款项凭据的当天，是指书面合同确定的付款日期；未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，为服务、无形资产转让完成的当天或者不动产权属变更的当天。
如上所述，既然“有协议，一年后还款结算”，则应当于实际结息日（若协议日仍未结算，则为协议日）作为增值税纳税义务发生时间。
二、企业所得税
根据《中华人民共和国企业所得税法实施条例》第十八条：利息收入，按照合同约定的债务人应付利息的日期确认收入的实现。
也就是说，企业所得税以协议结算日作为税收口径收入实现。
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上述“销毁费用以运输发票开给上游公司”属于票实不符，违反税法甚至刑法规定。
根据《中华人民共和国发票管理办法》
第二十二条 开具发票应当按照规定的时限、顺序、栏目，全部联次一次性如实开具，并加盖发票专用章。
任何单位和个人不得有下列虚开发票行为：
（一）为他人、为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（二）让他人为自己开具与实际经营业务情况不符的发票；
（三）介绍他人开具与实际经营业务情况不符的发票。
第三十七条 违反本办法第二十二条第二款的规定虚开发票的，由税务机关没收违法所得；虚开金额在1万元以下的，可以并处5万元以下的罚款；虚开金额超过1万元的，并处5万元以上50万元以下的罚款；构成犯罪的，依法追究刑事责任。
如上所述，“销毁费用以运输发票开给上游公司”，显然是“为他人开具与实际经营业务情况不符的发票”，属于虚开发票行为。视情节可能涉及行政乃至刑事追究。
这样不可以。您应当分别新、旧项目进行核算。
根据“财税〔2016〕36号”文件附件1《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条相关规定，用于简易计税方法计税项目的进项税额不得从销项税额中抵扣。
《企业会计准则——应用指南》附录：《会计科目和主要账务处理》6401 主营业务成本科目核算企业确认销售商品、提供劳务等主营业务收入时应结转的成本，本科目可按主营业务的种类进行明细核算。
您说的补充养老保险是企业年金吧？缴纳时不用缴纳个人所得税，领取时需要缴纳。
根据《财政部 人力资源社会保障部 国家税务总局关于企业年金 职业年金个人所得税有关问题的通知》（财税〔2013〕103号）相关规定，企业和事业单位（以下统称单位）根据国家有关政策规定的办法和标准，为在本单位任职或者受雇的全体职工缴付的企业年金或职业年金（以下统称年金）单位缴费部分，在计入个人账户时，个人暂不缴纳个人所得税。个人达到国家规定的退休年龄，在本通知实施之后按月领取的年金，全额按照“工资、薪金所得”项目适用的税率，计征个人所得税；在本通知实施之后按年或按季领取的年金，平均分摊计入各月，每月领取额全额按照“工资、薪金所得”项目适用的税率，计征个人所得税。
如上所述，其实是一种公益性捐赠支出，但与公司生产经营没有直接关系，可以作为营业外支出。
按照财务报表格式说明：“营业外支出”行项目，反映企业发生的除营业利润以外的支出，主要包括债务重组损失、公益性捐赠支出、非常损失、盘亏损失、非流动资产毁损报废损失等。
既然购买毛坯房，计入在建工程正确。事实上，装修过程，也是此房产建造过程的一部分。我想说的是，根据《财政部税务总局关于房产税若干具体问题的解释和暂行规定》（财税地字〔1986〕8号）十九、关于新建的房屋如何征税？
纳税人自建的房屋，自建成之次月起征收房产税。
纳税人委托施工企业建设的房屋，从办理验收手续之次月起征收房产税。
纳税人在办理验收手续前已使用或出租、出借的新建房屋，应按规定征收房产税。
根据《国家税务总局关于房产税城镇土地使用税有关政策规定的通知》（国税发〔2003〕89号）（一）购置新建商品房，自房屋交付使用之次月起计征房产税和城镇土地使用税。
显然，毛坯房装修过程，此房屋并未建成、使用，不必缴纳房产税；待装修完毕，投入使用次月起计征房产税比较合理。个人观点，仅供参考；也建议您直接与主管税务机关沟通一下。
可以按照规定流程抵扣。
根据《国家税务总局关于简化增值税发票领用和使用程序有关问题的公告》（国家税务总局公告2014年第19号）三、简化丢失专用发票的处理流程：……一般纳税人丢失已开具专用发票的抵扣联，如果丢失前已认证相符的，可使用专用发票发票联复印件留存备查；如果丢失前未认证的，可使用专用发票发票联认证，专用发票发票联复印件留存备查。
这需要区分情况而定：
一、员工出差过程中发生的差旅费用，实报报销，并非员工取得工资薪金所得，不征收个人所得税。
二、《征收个人所得税若干问题的规定》(国税发〔1994〕89号)规定：差旅费津贴、误餐补助不属于工资、薪金性质的补贴、津贴或者不属于纳税人本人工资、薪金所得项目的收入，不征税。
根据《国家税务总局关于个人所得税有关政策问题的通知》（国税发〔1999〕58号）第二条规定，个人因公务用车和通讯制度改革而取得的公务用车、通讯补贴收入，扣除一定标准的公务费用后，按照“工资、薪金所得”项目计征个人所得税。按月发放的，并入当月“工资、薪金所得”计征个人所得税；不按月发放的，分解到所属月份并与该月份‘工资、薪金所得’合并后计征个人所得税。公务费用的扣除标准，由省级地方税务局根据纳税人公务交通、通讯费用的实际发生情况调查测算，报经省级人民政府批准后确定，并报国家税务总局备案。
但这要按照差旅费津贴、交通费用补贴标准执行，具体标准可以向当地财政、税务主管部门咨询一下。
三、超标准支付差旅费津贴、交通费用补贴以及变相发放工资性补贴、津贴，需要并入“工资薪金所得”，一并征收个人所得税。
另外，《国家税务总局关于生活补助费范围确定问题的通知》（国税发〔1998〕155号）规定：从福利费和工会经费中支付给单位职工的人人有份的补贴、补助，不属于免税的福利费范围，应当并入纳税人的工资、薪金收入计征个人所得税。
