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一般而言，若存在实质（比如进项税额本身就是虚开发票取得）或者形式（比如不符合留抵退税条件）问题，需要将违规取得的留抵退税缴回。但是，如果留抵退税原本并未违规，则没有可以缴回的规定。
您的疑虑非常准确。关键就在于是否合理。
首先，咱们从净资产角度来看，公司净资产2000万，对应25%就是500万；那么转让收入600万就很合理。
但是，净资产属于账面数据。比如说，公司有一宗地，账面价值只有1000万，但是现在已经升值到8000万元了，那这个转让收入显然就不合理了。
正因为此，出具评估报告是有必要的（中介机构报告，税务机关不能无理由不认可）。
至于税务政策，主要是原则性要求，比如纳税申报真实性要求——也就是说，如果并非关联关系，600万乃是真实数据，经得起检查就行。
地产公司和债权人签订租赁协议，约定未来20年的车位租赁款给债权人，债权人和客户签订协议。
根据上述描述，属于债权人取得车位后转租给客户，那么地产需要按租赁收入计算缴纳增值税及附加、印花税、所得税，需要给债权人开具发票，债权人转租车位需要缴纳增值税及附加、印花税、所得税（如果是个人缴纳个税）
印花税的征税对象，是“应税凭证”（比如合同）。如您所述情形，虽然房租期限存在重复之处，但是之前合同与新签合同乃是两个合同，两个应税凭证，应当分别计算、缴纳印花税。
相关依据：
《财政部 税务总局关于印花税若干事项政策执行口径的公告》（财政部 税务总局公告2022年第22号）三、关于计税依据、补税和退税的具体情形
（七）未履行的应税合同、产权转移书据，已缴纳的印花税不予退还及抵缴税款。
（八）纳税人多贴的印花税票，不予退税及抵缴税款。
根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）第十一条规定，分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明，可参照企业所得税年度纳税申报表附表“纳税调整项目明细表”中列明的项目进行说明，涉及需由总机构统一计算调整的项目不进行说明。
由于“职工薪酬”是分支机构分摊税款三因素之一，因此我理解需要填报。
一、综合规定：《中华人民共和国税收征收管理法》
第十五条 企业，企业在外地设立的分支机构和从事生产、经营的场所，个体工商户和从事生产、经营的事业单位(以下统称从事生产、经营的纳税人)自领取营业执照之日起三十日内，持有关证件，向税务机关申报办理税务登记。
二、增值税方面：《中华人民共和国增值税暂行条例》
第二十二条 增值税纳税地点：
（一）固定业户应当向其机构所在地的主管税务机关申报纳税。总机构和分支机构不在同一县（市）的，应当分别向各自所在地的主管税务机关申报纳税；经国务院财政、税务主管部门或者其授权的财政、税务机关批准，可以由总机构汇总向总机构所在地的主管税务机关申报纳税。
三、企业所得税：
《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）
第三条 汇总纳税企业实行“统一计算、分级管理、就地预缴、汇总清算、财政调库”的企业所得税征收管理办法。
四、房产税、城镇土地使用税：
《中华人民共和国房产税暂行条例》第九条 房产税由房产所在地的税务机关征收。
《中华人民共和国城镇土地使用税暂行条例》第十条 土地使用税由土地所在地的税务机关征收。
可以开具，根据双方对于使用电量的确认单据等证明实际发生的资料就可以。
住房租赁企业中的增值税一般纳税人向个人出租住房取得的全部出租收入，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率减按1.5%计算缴纳增值税，或适用一般计税方法计算缴纳增值税。住房租赁企业中的增值税小规模纳税人向个人出租住房，按照5%的征收率减按1.5%计算缴纳增值税。
对企事业单位、社会团体以及其他组织向个人、专业化规模化住房租赁企业出租住房的，减按4%的税率征收房产税。
政策依据：《财政部 税务总局 住房城乡建设部关于完善住房租赁有关税收政策的公告》（财政部 税务总局 住房城乡建设部公告2021年第24号）
1.A企业转出环节的税务处理A企业进料加工产品若不属于免税或退税范围，其转出时应按正常销售处理，需缴纳增值税。即使货物后续由B企业用于免抵退产品加工，A企业仍需按规定申报缴纳增值税，不能免税申报。这是因为A企业的业务性质和适用政策独立于B企业，其销售行为需遵循自身适用的税收规定。
2.B企业保税货物的处理B企业接收A企业转出的货物作为保税货物，后续加工出口时可享受免抵退政策。但B企业的保税资格和免抵退政策是基于自身加工贸易业务和海关监管流程，与A企业的转出申报无关。B企业需按规定办理保税手续和免抵退税申报，确保货物符合海关监管要求和税收政策规定。
3.A企业转出时不能免税申报，需按正常销售缴纳增值税。B企业作为转入方，需按规定办理保税手续和后续免抵退税申报，两者税务处理相互独立。
个人股东或企业股东以无形资产出资没有什么太具体的要求。在会计上只需要做到依据会计法按公允价值核算就可以。在税收上只需要做到依法进行纳税申报就可以。
个人股东以无形资产入股涉及的税种有个人所得税、增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税、土地增值税（仅限土地使用权出资。）
企业股东以无形资产入股涉及的税种有企业所得税、增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税、土地增值税（仅限土地使用权出资。）
税收优惠是肯定有的。相关的优惠有很多，例如财税【2015】41号文件、财税【2016】101号文件、财税【2014】116号文件，因为您提供的信息有限我无法一一列举。
我理解是需要备案的。相关政策如下：
《财政部 人力资源社会保障部 国家税务总局关于企业年金 职业年金个人所得税有关问题的通知》（财税〔2013〕103号）
四、建立年金计划的单位应于建立年金计划的次月15日内，向其所在地主管税务机关报送年金方案、人力资源社会保障部门出具的方案备案函、计划确认函以及主管税务机关要求报送的其他相关资料。年金方案、受托人、托管人发生变化的，应于发生变化的次月15日内重新向其主管税务机关报送上述资料。
增值税方面，若此项固定资产购入时没有抵扣，则可作免税申报；若已抵扣，则需要按照销售货物缴纳增值税。另外，还涉及企业所得税、印花税等。
