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不需要缴纳增值税。
根据《中华人民共和国增值税暂行条例》第一条、第四条相关规定，在中华人民共和国境内销售货物或者加工、修理修配劳务（以下简称劳务），销售服务、无形资产、不动产以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产，统称应税销售行为。也就是说，增值税征税范围限于“纳税人销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产”；道理同上，虽然政府给予资金（计入其他收益，相当于政府补助），但企业并未因此给政府提供上述销售行为，换句话说，若政府给钱并非购买上述各项，自然不属于增值税征收范围。
如果签订一份合同，则为一项应税交易，应当从主（13%）计税。
如果签订两份合同，则需要进行区分：如果开发的“软件”与销售的“软件”，并非同一软件，举个容易理解的例子，您买给张三一辆奥迪，然后给张三另一辆大奔保养，这是两项交易，则可分别计税。反之，二者乃是统一，即给卖的“软件”提供开发服务，那还是属于一项交易，应当从主（13%）计税。
个人理解，仅供参考；您也可与主管税务机关沟通、确认一下。
这可能需要看具体相关程度。
政策依据：国家税务总局公告2019年第45号
七、纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。
一次扣除没有问题。因为这个政策适用于房屋建筑物之外固定资产且单价不超过500万元，您的情形是符合的。
但是，因为6月购买，则次月开始计提折旧，因此应当扣除于第三季度，而非第二季度。
Oreoy Sun