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根据“国家税务总局公告2019年第45号”七、纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。
也就是说，是否缴纳增值税，取决于这个基金金额是否与企业销售收入或者数量直接挂钩。
建议最好退还重新打款，因为目前不再强制要求验资，所以能证明是投资款打入的，就是一个转账存款凭证，所以最好重新写好备注"投资款"。
当然如果确实无法重新退回再打入，股东互相之间认可属于投资款，也没有太大问题。
会计档案凭证本身就属于被投资的公司所有，股东变化不影响这些档案所有权，所以不存在股东变化要移交会计档案的问题。
价外费用：《增值税暂行条例》规定，价外费用是指价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金(延期付款利息)、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费、代收款项、代垫款项以及其他性质的价外费用，但下列项目不包括在内：（1）向购货方收取的销项税额；（2）受托加工应征消费税的货物，而由受托方向委托方所代收代缴的消费税；（3）代垫运费。代垫运费是指同时符合以下条件的运费：①承运部门的运输发票开具给购货方的；②纳税人将该发票转交给购货方的。
返利：国家税务总局国税发〔1997〕167号文件规定，平销行为返利是生产企业以商业企业经销价或高于商业企业经销价的价格将货物销售给商业企业，商业企业再以进货成本或低于进货成本的价格进行销售，生产企业则以返还利润等方式弥补商业企业进销差价损失。主要方式包括生产企业通过返还资金方式弥补商业企业的损失（如商业返还利润、向商业企业投资等），包括生产企业通过赠送实物或以实物投资方式弥补商业企业损失。
简而言之，价外费用是货物卖方向买方收取的，而平销行为返利是货物买方向卖方收取的。
收取价外费用根据性质不同计入不同科目，比如收取的违约金等计入营业外收入，收到的延期支付利息可以冲减财务费用
取得的平销返利，对方开具红字发票，商贸企业收到后冲减采购成本和进项税额
另外您说的补价，在商贸企业中不常见，您主要说的什么情况下涉及补价的概念了呢？
横艾