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可以。
这儿需要提示一点的是，分公司不是独立企业所得税纳税人，需要将其数据汇入总公司，而总公司应当合并分公司数据，一起计算是否属于小型微利企业。若合并后符合条件，则总公司、分公司皆可依此享受；若不符合，则总公司、分公司皆不能依此享受。
关于“我们是独立核算，不合并纳税”这个说法，可能您的理解有误。只要乃是分公司，与是否独立核算无关，皆非独立企业所得税纳税人。这一点建议您最好直接与主管税务机关沟通一下。
因此，分公司压根不存在是不是“小型微利企业”这个问题，因为“小型微利企业”是个企业所得税概念，而分公司不是独立企业所得税纳税人。打个比方，我们可以说张三工资多少，但不可能说张三左手工资多少；当然，可以说张三儿子工资是多少——张三儿子是子公司；张三左手即分公司。
按照经营所得计税是正确的。当然，不是单独计税，经营所得是按期间计税；即把上述转让收入、成本并入A合伙企业所属期间，一并计算经营所得计税。
政策依据：
《关于个人独资企业和合伙企业投资者征收个人所得税的规定》（财税[2000]91号）
第四条 个人独资企业和合伙企业(以下简称企业)每一纳税年度的收入总额减除成本、费用以及损失后的余额，作为投资者个人的生产经营所得，比照个人所得税法的“个体工商户的生产经营所得”应税项目，适用5%～35%的五级超额累进税率，计算征收个人所得税。
前款所称收入总额，是指企业从事生产经营以及与生产经营有关的活动所取得的各项收入，包括商品(产品)销售收入、营运收入、劳务服务收入、工程价款收入、财产出租或转让收入、利息收入、其他业务收入和营业外收入。
根据《中华人民共和国发票管理办法》第三条规定，本办法所称发票，是指在购销商品、提供或者接受服务以及从事其他经营活动中，开具、收取的收付款凭证。既然“由于没有货物交付形成违约”而支付款项，则非“应税销售行为”，不应开具发票，开具收据是正确的。至于名目，自行协商即可，其实不甚重要。
不需要，只有非正常损失对应的进项税额才需要做转出处理。
非正常损失，是指因管理不善而造成的货物被盗、丢失、霉烂变质，以及因违反法律法规造成货物或者不动产被依法没收、销毁、拆除的情形。
你说的情形不属于非正常损失，因此无需转出。
兴学君