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如果返还给自然人股东的金额，大于其实际出资（拿到公司的钱），则超出部分需要代扣代缴个人所得税。
相关政策：
《国家税务总局关于个人终止投资经营收回款项征收个人所得税问题的公告》（国家税务总局公告2011年第41号）一、个人因各种原因终止投资、联营、经营合作等行为，从被投资企业或合作项目、被投资企业的其他投资者以及合作项目的经营合作人取得股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回的款项等，均属于个人所得税应税收入，应按照“财产转让所得”项目适用的规定计算缴纳个人所得税。
应纳税所得额的计算公式如下：
应纳税所得额=个人取得的股权转让收入、违约金、补偿金、赔偿金及以其他名目收回款项合计数-原实际出资额（投入额）及相关税费。
那这个不用缴纳个税的。
谨慎起见，为了避免未来发生异议，建议可让股东给公司出具一个说明，证明上述“打入公司对公的款，没有备注投资款”实为“出资”，这样计入实收资本就稳妥了。
一、借入方
（一）本金
借入时，"借款所得到的现金"项目；归还时，"偿还债务所支付的现金"项目。
（二）支付利息
"分配股利、利润或偿还利息所支付的现金"项目。
二、借出方
（一）本金
借出时，"投资所支付的现金"项目；收回时，"收回投资所收到的现金"项目。
（二）收到利息
"取得投资收益所收到的现金"项目。
应当按照全额确认收入、计提增值税、开具发票。至于放弃30%债权，则属于债权损失或者债务重组损失，可以结转损益科目（营业外支出或者投资收益等）。
线朗丽