疑问
通行费发票还允许抵扣增值税吗？
答复
1、取得纸质通行费发票（非电子发票）不能抵扣进项税额。
2、取得电子发票，可以按照发票上注明的税额抵扣进项税额。
3、若是取得不征税的电子发票，不得抵扣增值税。
4、定额通行费普通发票的增值税抵扣政策截止到2018年12月31日已经到期。也就是从2019年1月1日起定额通行费普通发票不得计算抵扣增值税了。
参考电子发票：
提醒一
1、左上角标识“通行费”字样，且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票（以下称征税发票）。
2、左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”的通行费电子发票（以下称不征税发票）。
只有征税通行费电子发票才可以勾选认证抵扣，不征税发票不得抵扣增值税。
提醒二
公司去充值ETC，取得了一份税率为不征税的发票，这样来入账：
充值ETC：
借：预付账款-充值ETC 1000元
贷：银行存款 1000元
不征税的ETC充值卡不得税前扣除。
充值不征税发票在经营业务发生以前开具，严格来说，并不属于真正的“发票”。充值不征税发票只能证明资金流动情况，类似于银行转账记录，并不具备证明支出发生的税收属性。
提醒三
增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料(二)》(本期进项税额明细)中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。
比如：
取得了一份价税合计1030元的通行费电子发票（征税发票）。
借：管理费用-通行费 1000
应交税费-应交增值税-进项税额 30
贷：银行存款 1030
参考一
根据《财政部 税务总局关于租入国定资产进项税额抵扣等增值税政策通知》（财税 [2017]90号） 第七条：
自2018年1月1日起，纳税人支付的道路、桥、闸通行费，按照以下规定抵扣进项税额：
2018年1月1日至6月30日，纳税人支付的高速公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票（不含财政票据，下同）上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：
高速公路通行费可抵扣进项税额=高速公路通行费发票上注明的金额÷（1+3%）×3%。
2018年1月1日至12月31日，纳税人支付的一级、二级公路通行费，如暂未能取得收费公路通行费增值税电子普通发票，可凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣进项税额：一级、二级公路通行费可抵扣进项税额=一级、二级公路通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%（二）纳税人支付的桥、闸通行费，暂凭取得的通行费发票上注明的收费金额按照下列公式计算可抵扣的进项税额：桥、闸通行费可抵扣进项税额=桥、闸通行费发票上注明的金额÷（1+5%）×5%
参考二
《交通运输部、财政部、国家税务总局、国家档案局关于收费公路通行费电子票据开具汇总等有关事项的公告》（交通运输部、财政部、国家税务总局、国家档案局公告2020年第24号）第二条规定，通行费电子票据分类（一）收费公路通行费增值税电子普通发票（以下简称通行费电子发票）。通行费电子发票包括左上角标识“通行费”字样且税率栏次显示适用税率或征收率的通行费电子发票（以下简称征税发票）以及左上角无“通行费”字样，且税率栏次显示“不征税”的通行费电子发票（以下简称不征税发票）。客户通行经营性收费公路，由经营管理者开具征税发票，可按规定用于增值税进项抵扣；客户采取充值方式预存通行费，可由ETC客户服务机构开具不征税发票，不可用于增值税进项抵扣。
参考三
根据《交通运输部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2017年第66号）第三条（三）规定：“ETC预付费客户可以自行选择在充值后索取发票或者实际发生通行费用后索取发票。
在充值后索取发票的，在发票服务平台取得由ETC客户服务机构全额开具的不征税发票，实际发生通行费用后，ETC客户服务机构和收费公路经营管理单位均不再向其开具发票。
客户在充值后未索取不征税发票，在实际发生通行费用后索取发票的，通过经营性收费公路的部分，在发票服务平台取得由收费公路经营管理单位开具的征税发票；通过政府还贷性收费公路的部分，在发票服务平台取得暂由ETC客户服务机构开具的不征税发票。”
第三条（五）规定：“客户使用ETC卡或用户卡通行收费公路并交纳通行费的，可以在实际发生通行费用后第10个自然日（遇法定节假日顺延）起，登录发票服务平台，选择相应通行记录取得通行费电子发票；客户可以在充值后实时登录发票服务平台，选择相应充值记录取得通行费电子发票。”
参考四
根据《交通运输部 国家税务总局关于收费公路通行费增值税电子普通发票开具等有关事项的公告》（交通运输部公告2020年第17号）：
五、通行费电子发票其他规定
（一）增值税一般纳税人申报抵扣的通行费电子发票进项税额，在纳税申报时应当填写在《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）中“认证相符的增值税专用发票”相关栏次中。
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