在目前增值税税制下，抵扣链条可以说是增值税能够环环征收且不重复征税的最大保障，抵扣链条不完整，对增值税本身避免重复征税就有影响。
增值税的链条是指在流转过程中，上一个环节的销项税额成为下一个环节的进项税额，下一个环节的销项税额再成为下一环节的进项税额，每个环节的销项减去进项就形成本环节的应纳税额，这样每一个环节的进销项相互连接，环环相扣，就像一个链条，形成增值税的抵扣链条。
一般上游交税，下游才抵扣，上游免税，下游无税可抵。
但是有几种情况比较特殊，上游免税，下游依旧能抵。
1、从农业生产者手中购进免税农产品可以抵扣。
理论上应该和我们从其他产品生产者手里购进一个道理，那就是你给我开专票，我抵扣就完事了。但是农产品特殊啊。
《增值税暂行条例》第十五条规定，农业生产者销售的自产农产品免征增值税。既然有免税政策，销售方当然就没法给你开专票，如果换其他商品，你这肯定没法抵扣的。但是农产品却不同。
你可以计算抵扣，这个时候你的抵扣凭证有两种，一种是农产品销售发票，一种是农产品收购发票。
农产品销售发票，农业生产者销售自产农产品适用免征增值税政策而开具的普通发票，这里包括农民自产农产品代开的免税发票。
农产品收购发票，农产品收购发票是指收购单位向农业生产者个人(不包括从事农产品收购的个体经营者)收购自产免税农业产品时，由付款方向收款方开具的发票。
凭证样式：
收购发票特点是发票左上角会打上“收购”两个字。
取得（开具）农产品收购发票或者销售发票的，以发票上注明的农产品买价和9%的扣除率计算进项税额
买价×9%就是进项税额
当然，纳税人购进用于生产销售或委托加工13%税率货物的农产品，按照10%的扣除率计算进项税额。
申报时候填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第6栏“农产品收购发票或者销售发票”栏。
加计扣除部分需要填入《增值税纳税申报表附列资料（二）》（本期进项税额明细）第8a栏“加计扣除农产品进项税额”“税额”栏，如下图。
农业生产者销售自产农产品免税，这是为了扶持三农，给予的优惠政策。但是农产品属于初级产品，是很多产品的原材料，如果不允许下游抵扣，增值税链条将就此中断，税金通过价格机制传导极有可能倒逼农民自产农产品降低销售价格，因为本身农民在市场中议价能力较弱，所以国家同时给予抵扣的政策。
2、从季度未超过30万享受免税的小规模纳税人手里取得的机动车销售统一发票可以抵扣。
小规模纳税人如何享受季度30万优惠政策，享受优惠的部分只能开具增值税普通发票，所以，小规模享受优惠，购买方只能取得普通发票，是无法抵扣的。
但是从事机动车销售业务的小规模纳税人开具的机动车销售统一发票是个例外。
机动车零售开具机动车销售统一发票，如图。
我们都知道，机动车销售统一发票是能勾选抵扣的，那么如果从事机动车销售的小规模纳税人满足季度未超过30万，享受了免税情况下。
购买方从其手中取得的机动车销售统一发票能抵扣吗？
答案是可以的。
其实这个一开始很多人还是有困惑，但是国家税务总局实施减税降费工作领导小组办公室的减费降税问答汇编明确了这个。
对月销售额未超过10万元（按季30万元）的小规模纳税人开具的机动车销售统一发票，可以享受免征增值税政策，且下道环节取得相应发票的，可以抵扣进项税额。同时，应加强后续机动车销售统一发票风险防范，依托快速反应机制对识别出的疑点开票行为，及时推送基层核实处理。
3、从享受疫情期间公共交通运输服务免税的纳税人手中取得的其他旅客运输客票。
财政部 税务总局公告2020年第8号公告是这样说的
而公交交通运输服务在36号文中是这样定义的。
提供公共交通运输服务享受免税的销售方如果开具增值税发票，都会开具税率栏为免税的发票。
如图：
取得这种免税发票是无法抵扣的，因为购进旅客运输服务取得增值税电子普通发票是按照票面的税额抵扣，这里税额为0.
但是，购进旅客运输服务的发票还可能取得其他普通发票。如图
如果这些公司享受了免税政策，从其开具的发票上我们是无法判断的，那么还能按照3%计算抵扣进项税吗？
答案也是可以的。
《财政部 税务总局 海关总署关于深化增值税改革有关政策的公告》(2019年第39号)规定，纳税人购进国内旅客运输服务，其进项税额允许从销项税额中抵扣。纳税人取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票的，按照下列公式计算进项税额：
公路、水路等其他旅客运输进项税额=票面金额÷(1+3%)×3%
综上，提供公共交通运输服务享受免税，纳税人从其取得公路、水路等其他客票，不影响纳税人按照39号公告的规定，凭取得注明旅客身份信息的公路、水路等其他客票计算抵扣旅客运输进项税额。
延伸一下其实如果没有疫情期间提供公共交通运输服务的免税。
如果纳税人是小规模纳税人，享受季度30万免税，开具公路、水路等其他客票，按照39号公告，购买方一样可以抵扣。
简单的说，购买方不需要也没法判断销售方是否享受免税，一并按政策计算抵扣就行了。
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