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根据《国家税务总局关于实施高新技术企业所得税优惠政策有关问题的公告》（国家税务总局公告2017年第24号）二、对取得高新技术企业资格且享受税收优惠的高新技术企业，税务部门如在日常管理过程中发现其在高新技术企业认定过程中或享受优惠期间不符合《认定办法》第十一条规定的认定条件的，应提请认定机构复核。复核后确认不符合认定条件的，由认定机构取消其高新技术企业资格，并通知税务机关追缴其证书有效期内自不符合认定条件年度起已享受的税收优惠。
根据《高新技术企业认定管理办法》（国科发火〔2016〕32号）第十一条 认定为高新技术企业须同时满足以下条件：
（一）企业申请认定时须注册成立一年以上；
（二）企业通过自主研发、受让、受赠、并购等方式，获得对其主要产品（服务）在技术上发挥核心支持作用的知识产权的所有权；
（三）对企业主要产品（服务）发挥核心支持作用的技术属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；
（四）企业从事研发和相关技术创新活动的科技人员占企业当年职工总数的比例不低于10%；
（五）企业近三个会计年度（实际经营期不满三年的按实际经营时间计算，下同）的研究开发费用总额占同期销售收入总额的比例符合如下要求：
1. 最近一年销售收入小于5,000万元（含）的企业，比例不低于5%；
2. 最近一年销售收入在5,000万元至2亿元（含）的企业，比例不低于4%；
3. 最近一年销售收入在2亿元以上的企业，比例不低于3%。
其中，企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；
（六）近一年高新技术产品（服务）收入占企业同期总收入的比例不低于60%；
（七）企业创新能力评价应达到相应要求；
（八）企业申请认定前一年内未发生重大安全、重大质量事故或严重环境违法行为。
也就是说，享受优惠期间也须符合上述条件。
这个没有明确规定。只要如实开具，据实留存相关资料即可，比如上述批复，再就是拨款单据等。
对于自用的地下建筑物，区分以下情况：
1、该地下建筑物独立于地上建筑物：
全年应纳税额＝应税房产原值×（1－扣除比例）×1.2%
注：工业用房产一般以房屋原价的50～60%作为应税房产原值，商业或其他用房产一般以房屋原价的70～80%作为应税房产原值，具体扣除比例，以各地要求为准。
2、该地下建筑物与地上建筑物相连：应将地下建筑物与地上房屋视为一个整体按照地上房屋建筑的有关规定计算征收房产税。
参考文件：财政部 国家税务总局关于具备房屋功能的地下建筑征收房产税的通知（财税[2005]181号）。
财税地字[1987]3号 财政部、国家税务总局关于房产税和车船使用税几个业务问题的解释与法规
一、关于“房产”的解释“房产”是以房屋形态表现的财产。房屋是指有屋面和围护结构（有墙或两边有柱），能够遮风避雨，可供人们在其中生产、工作、学习、娱乐、居住或储藏物资的场所。
根据你的描述及上述规定，您地下污水处理厂一层属于房产税缴纳范围应该按上述公式计算房产税，地下二层我个人理解不属于房产税纳税范围，但建议您和主管税局确认一下为妥。
根据《财政部 税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》（财政部 税务总局公告2022年第14号》十、纳税人自2019年4月1日起已取得留抵退税款的，不得再申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。纳税人可以在2022年10月31日前一次性将已取得的留抵退税款全部缴回后，按规定申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。
由于目前已经过了“2022年10月31日”，因此建议您与主管税务机关沟通一下如何解决吧。
铂略会员60553609