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您好，根据《个人所得税法》第十条，取得综合所得需要办理汇算清缴，工资薪金和劳务报酬属于综合所得，需要办理汇算清缴，个人在两处取得工资薪金和劳务报酬，同样应该办理汇算清缴，多退少补。
按照税法规定，享受三免三减半政策的主要包括国家重点扶持的公共基础设施项目（指《公共基础设施项目企业所得税优惠目录》规定的港口码头、机场、铁路、公路、城市公共交通、电力、水利等项目）和符合条件的环境保护、节能节水项目（包括公共污水处理、公共垃圾处理、沼气综合开发利用、节能减排技术改造、海水淡化等）。
上述情形应当不能享受。
第一个问题
该设备进口时贵公司已经缴纳了增值税，并且作为进项抵扣了销项税。那么从合规角度讲，贵公司取得了该设备时，应当将该设备确认为资产。两年后将该设备退回国外，应当视同你们销售了这个设备。既然是视同销售设备，就需要申报增值税。根据您介绍的公司状况，我猜测贵公司是一个生产企业。那么出口这个二手设备就不能办理出口退税。只能选择出口免税或者出口正常纳税进行申报。如果选择出口免税，那么设备净值（原值与折旧的差额）部分对应的进项税应当做转出处理。
第二个问题
此种情况应当做进项税转出，转出金额13万元。具体处理，跟国内采购同样的设备，然后因质量问题退货，开具红字发票，是一样的。
第三个问题
因为已经形成了事实上的退货。没有购进货物，那么也就无法取得货物对应的进项税。那么已经抵扣的进项税就需要做进项税转出处理。因为不是原状退运出境，并且时间超过了一年，所以在海关缴纳的增值税也不能退回。
首先可以明确的是，印花税肯定不用交。因为印花税的计税依据，是应税凭证所载金额；既然“免费无偿移交”，自然无需缴纳印花税。
增值税方面，参考增值税法以及部分12366答复口径，存在需要视同销售缴纳增值税的可能。但是，我仍然想表达一下我的个人观点（仅仅“个人观点”），如上所述，“免费移交”的根本原因，乃是“不移交不给发电”，且有文件依据；那么，此项“免费移交”，实为购电成本构成部分，而非“无偿赠送”。我另举一例：您去租了辆车，车费1000元；但是约定，车辆加油由您负责，难道这能认定为您把这些油“无偿赠送”给对方了吗？
当然，以上乃是个人看法；您可与主管税务机关沟通一下，实务处理仍应以税务机关掌握口径为准。
点点点点