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一、增值税
根据财政部 国家税务总局《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税〔2016〕36号
（八）从事学历教育的学校提供的教育服务。
1.学历教育，是指受教育者经过国家教育考试或者国家规定的其他入学方式，进入国家有关部门批准的学校或者其他教育机构学习，获得国家承认的学历证书的教育形式。具体包括：
（1）初等教育：普通小学、成人小学。
（2）初级中等教育：普通初中、职业初中、成人初中。
（3）高级中等教育：普通高中、成人高中和中等职业学校（包括普通中专、成人中专、职业高中、技工学校）。
（4）高等教育：普通本专科、成人本专科、网络本专科、研究生（博士、硕士）、高等教育自学考试、高等教育学历文凭考试。
2.从事学历教育的学校，是指：
（1）普通学校。
（2）经地(市)级以上人民政府或者同级政府的教育行政部门批准成立、国家承认其学员学历的各类学校。
（3）经省级及以上人力资源社会保障行政部门批准成立的技工学校、高级技工学校。
（4）经省级人民政府批准成立的技师学院。
上述学校均包括符合规定的从事学历教育的民办学校，但不包括职业培训机构等国家不承认学历的教育机构。
3.提供教育服务免征增值税的收入，是指对列入规定招生计划的在籍学生提供学历教育服务取得的收入，具体包括：经有关部门审核批准并按规定标准收取的学费、住宿费、课本费、作业本费、考试报名费收入，以及学校食堂提供餐饮服务取得的伙食费收入。除此之外的收入，包括学校以各种名义收取的赞助费、择校费等，不属于免征增值税的范围。
学校食堂是指依照《学校食堂与学生集体用餐卫生管理规定》（教育部令第14号）管理的学校食堂。
因此，民办学校收取的经有关部门审核批准并按规定标准收取的学费、住宿费、课本费、作业本费、考试报名费收入，以及学校食堂提供餐饮服务取得的伙食费收入。除此之外的收入，包括学校以各种名义收取的赞助费、择校费等，不属于免征增值税的范围。
二、企业所得税
根据财政部 国家税务总局《关于非营利组织企业所得税免税收入问题的通知》财税[2009]122号规定，根据《中华人民共和国企业所得税法》第二十六条及《中华人民共和国企业所得税法实施条例》（国务院令第512号）第八十五条的规定，现将符合条件的非营利组织企业所得税免税收入范围明确如下：
一、非营利组织的下列收入为免税收入：
（一）接受其他单位或者个人捐赠的收入；
（二）除《中华人民共和国企业所得税法》第七条规定的财政拨款以外的其他政府补助收入，但不包括因政府购买服务取得的收入；
（三）按照省级以上民政、财政部门规定收取的会费；
（四）不征税收入和免税收入孳生的银行存款利息收入；
（五）财政部、国家税务总局规定的其他收入。
因此，民办学校除上述政策规定的免税收入外，取得其他收入按规定缴纳企业所得税。
这个没有明确规定。只要如实开具，据实留存相关资料即可，比如上述批复，再就是拨款单据等。
对于自用的地下建筑物，区分以下情况：
1、该地下建筑物独立于地上建筑物：
全年应纳税额＝应税房产原值×（1－扣除比例）×1.2%
注：工业用房产一般以房屋原价的50～60%作为应税房产原值，商业或其他用房产一般以房屋原价的70～80%作为应税房产原值，具体扣除比例，以各地要求为准。
2、该地下建筑物与地上建筑物相连：应将地下建筑物与地上房屋视为一个整体按照地上房屋建筑的有关规定计算征收房产税。
参考文件：财政部 国家税务总局关于具备房屋功能的地下建筑征收房产税的通知（财税[2005]181号）。
财税地字[1987]3号 财政部、国家税务总局关于房产税和车船使用税几个业务问题的解释与法规
一、关于“房产”的解释“房产”是以房屋形态表现的财产。房屋是指有屋面和围护结构（有墙或两边有柱），能够遮风避雨，可供人们在其中生产、工作、学习、娱乐、居住或储藏物资的场所。
根据你的描述及上述规定，您地下污水处理厂一层属于房产税缴纳范围应该按上述公式计算房产税，地下二层我个人理解不属于房产税纳税范围，但建议您和主管税局确认一下为妥。
根据《财政部 税务总局关于进一步加大增值税期末留抵退税政策实施力度的公告》（财政部 税务总局公告2022年第14号》十、纳税人自2019年4月1日起已取得留抵退税款的，不得再申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。纳税人可以在2022年10月31日前一次性将已取得的留抵退税款全部缴回后，按规定申请享受增值税即征即退、先征后返(退)政策。
由于目前已经过了“2022年10月31日”，因此建议您与主管税务机关沟通一下如何解决吧。
铂略会员70555099