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所谓“负库存”，根本就是一个“伪概念”。比如说，没来发票，但是销售了呀？那么，没来发票，该入库存也得入，账务处理必须据实。也有人说，“先卖后买”呀，事实上，当“先卖”之前，最多“先卖”之时，已经“买了”，又何来“负”。至于您问上述情形如何调整，显然是将应入未入存货补上。
目前没有明确规定如何开票，但从业务性质看实际就是销售货物由俩家付款，一是消费者，二是拼多多平台。根据增值税法规定，发生应税交易取得与之相关的所有货币或非货币经济利益都属于销售额组成部分，我个人理解应该按13%开票。
而且类似你的问题，上市公司贝因美因为给平台按6%开票，已经被当地税务部门处罚。
建议和当地主管税局确认一下为妥。
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以数治税监管下，增值税风险预警Ⅰ
按照《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》（国家税务总局公告2012年第57号）第十一条规定，汇总纳税企业汇算清缴时，总机构除报送企业所得税年度纳税申报表和年度财务报表外，还应报送汇总纳税企业分支机构所得税分配表、各分支机构的年度财务报表和各分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明；分支机构除报送企业所得税年度纳税申报表（只填列部分项目）外，还应报送经总机构所在地主管税务机关受理的汇总纳税企业分支机构所得税分配表、分支机构的年度财务报表（或年度财务状况和营业收支情况）和分支机构参与企业年度纳税调整情况的说明。
也就是说，总公司财务报表、纳税申报表应当包含分公司数据；分公司亦应申报自身数据。
璩婷美