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公司报销高管“复旦大学企业家班”学费，在税务上通常被视为个人学历/学位教育或高层管理培训福利，不能在企业所得税税前扣除，认为属于与企业取得收入无关支出。需要按工资薪酬代扣个人所得税代扣代缴。
工资薪酬要有合理性才可以税前扣除，按国税函2009年3号，合理工资薪酬需要满足以下条件(一)企业制订了较为规范的员工工资薪金制度; (二)企业所制订的工资薪金制度符合行业及地区水平; (三)企业在一定时期所发放的工资薪金是相对固定的，工资薪金的调整是有序进行的; (四)企业对实际发放的工资薪金，已依法履行了代扣代缴个人所得税义务。(五)有关工资薪金的安排，不以减少或逃避税款为目的;
所以如果某月工资大幅度提高，可能被认定不合理而不能扣除。
两种方式其实都可以：
一是商贸公司给个体户开票，您再给商贸公司开票；这样商贸公司就是一收一支，不能按照“代收代付”处理了。
二是您直接给个体户开票，这样商贸公司可以按照“代收代付”处理。当然，这个情况修订一下合同，明确这个事情也好。
个税：居间费属于劳务报酬，应该按劳务报酬预扣预缴个税，税率为40%，您说的按1-1.5%预扣，大概率是某些地区给予核定征收政策，这个您得再确认一下，但如果判断为劳务报酬未来需要做个税汇算清缴的。
增值税：1%税率没错，附加税没有免征政策，可以享受六税两费减半。
发票开具，应当据实；而不应根据客户要求开具。如果发货是泵，就必须开泵，不能开轴承；反之亦然。否则涉嫌票实不符；严格来讲，也算是虚开发票了。
赞悦郎