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【解答】施工企业一般按完工进度确认收入，不是按开票时间确认收入。国税函[2008]875号中相关规定如下：企业在各个纳税期末，提供劳务交易的结果能够可靠估计的，应采用完工进度（完工百分比）法确认提供劳务收入。
（一）提供劳务交易的结果能够可靠估计，是指同时满足下列条件：1.收入的金额能够可靠地计量；2.交易的完工进度能够可靠地确定；3.交易中已发生和将发生的成本能够可靠地核算。
（二）企业提供劳务完工进度的确定，可选用下列方法：1.已完工作的测量；2.已提供劳务占劳务总量的比例；3.发生成本占总成本的比例。
按照上述规定，收入进账并没有虚列，所以不能扣除收入。
仅供参考，具体请咨询当地税务机关。
按目前规定，并没有要求款项必须由购买方支付，如果有特殊原因，一定需要母公司代为支付款项，留存必要证据资料证明业务真实性就可以。
需要签订一个三方协议或者委托付款协议，来作为母公司付款的支撑。
不过话说回来，为啥母公司非要替子公司付款呢？不能找把款项给子公司，子公司再付款吗？
一、按照《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）相关文件规定，应当缴纳契税。
二、关于追征期，若非偷税，则上述税额为三年；若为偷税，则无限期追征。按照税收征管法第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。
三、关于滞纳金是否可以超过税款本金，建议直接与主管税务机关沟通一下。
是销售俩种不同商品？一种自产，一种外购？那就分别按俩种商品税率计算各自增值税。
祁祺