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对于出口如何开具发票，总局未明确，不同省市税务局可能有规定，建议咨询主管税务机关。同时建议按出口货物的离岸价（FOB）开具出口发票，同时在备注栏注明出口货物所含的海关保税进口料件的金额。
依据：《财政部 国家税务总局关于出口货物劳务增值税和消费税政策的通知》(财税〔2012〕39号)四、增值税退（免）税的计税依据
出口货物劳务的增值税退（免）税的计税依据，按出口货物劳务的出口发票（外销发票）、其他普通发票或购进出口货物劳务的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书确定。
（二）生产企业进料加工复出口货物增值税退（免）税的计税依据，按出口货物的离岸价（FOB）扣除出口货物所含的海关保税进口料件的金额后确定。
本通知所称海关保税进口料件，是指海关以进料加工贸易方式监管的出口企业从境外和特殊区域等进口的料件。包括出口企业从境外单位或个人购买并从海关保税仓库提取且办理海关进料加工手续的料件，以及保税区外的出口企业从保税区内的企业购进并办理海关进料加工手续的进口料件。
其实，实质政策没有太大变化；主要就是对于原先暂行条例、实施细则以及相关文件进行整合，同时提升了法律法规层级。
个人觉得，从上面描述来看，其实这儿是两个环节：您公司→香港贸易公司；香港贸易公司→最终客户
但是，如上所述，“报关单上的收货人是最终客户”，而您公司又以“给贸易公司的发票”作为入账凭证，感觉有些矛盾了。
谨慎起见，最好与主管税务机关沟通、确认一下。
增值税方面，既然已经出口，则进项税额不能抵扣；但可依法适用出口退税。关税方面，则将之计入相应商品成本即可。
飞文小哥哥