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根据《财政部 国家税务总局关于在部分行业试行农产品增值税进项税额核定扣除办法的通知》（财税〔2012〕38号）规定，自2012年7月1日起，以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人，纳入农产品增值税进项税额核定扣除试点范围，其购进农产品无论是否用于生产上述产品，增值税进项税额均按照《农产品增值税进项税额核定扣除试点实施办法》（附件1）的规定抵扣。除本通知第一条规定以外的纳税人，其购进农产品仍按现行增值税的有关规定抵扣农产品进项税额。且该办法第四条有“（二）试点纳税人购进农产品直接销售的，农产品增值税进项税额按照以下方法核定扣除……”之规定。
因此，如果企业属于“以购进农产品为原料生产销售液体乳及乳制品、酒及酒精、植物油的增值税一般纳税人”，则发生上述“采购农产品后未加工，直接销售”的情形，仍然适用核定扣除政策。
根据“国家税务总局公告2020年第9号”第二条相关规定，专业化处理后产生货物，且货物归属受托方的，受托方属于提供“专业技术服务”，其收取的处理费用适用6%的增值税税率。受托方将产生的货物用于销售时，适用货物的增值税税率。
也就是说，第三方可以按照6%税率给您开具发票。但其对外销售时，仍须按照13%税率计税开票。
单纯“更改报关单”，恐怕还是不行。因为缴税主体仍是B公司。
进项税额，是指纳税人购进货物、服务、无形资产、不动产支付或者负担的增值税税额。那A公司并不是税额的支付者呀。况且，既然B公司申报，那扣税凭证肯定也是写的B公司；A公司也没有抵扣凭证吧。
这个情况，也可与主管税务机关沟通一下，看有无更好的解决方法。
税务处理需要视同销售。
借：销售费用
累计折旧
贷：固定资产
应交税费——应交增值税（销项税额）
Clement Housman