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“没有抵扣勾选认证”本身没有风险。是否抵扣、勾选，乃是权力，不是义务。另外，需要注意的是，发票开具、取得，必须业务真实、票实完全相符。
借：管理费用或者销售费用（根据目的、用途确定）
贷：银行存款
应交税费-应交个人所得税
需要索取发票并且代扣代缴个人所得税。
按照上面描述，您公司只是“代替A公司持有”，相关费用其实也是代收代付。这种情况下，最好还是由相关服务提供方（即费用收取方）直接给A公司开具发票，您公司把他们转交，这样比较稳妥。
不需要。
根据《中华人民共和国增值税法》第三条规定，在中华人民共和国境内（以下简称境内）销售货物、服务、无形资产、不动产（以下称应税交易），以及进口货物的单位和个人（包括个体工商户），为增值税的纳税人，应当依照本法规定缴纳增值税。
如上所述，收到“保证金”并未对应上述应税交易，且之后达成情况未定，因而无需缴纳增值税。
企业所得税方面，上述款项是否属于您公司尚未可知，因此作为往来核算即可。而应视后续履约情况返还或者作为收益。
谨慎起见，亦可与主管税务机关沟通、确认一下。
濮存小郎君