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您好，只要不是用于不可抵扣项目的，就可以抵扣。问题提到的情形，只要不是接受贷款服务而向贷款方支付的与贷款直接相关的手续费，其进项税额就可以抵扣。
依据：
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》财税[2016]36号中《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：……（六）购进的旅客运输服务、贷款服务、居民日常服务和娱乐服务。以及《营业税改征增值税试点有关事项的规定》中明确纳税人接受贷款服务向贷款方支付的与该笔贷款直接相关的投融资顾问费、手续费、咨询费等费用，其进项税额不得从销项税额中抵扣。
按目前规定，并没有要求款项必须由购买方支付，如果有特殊原因，一定需要母公司代为支付款项，留存必要证据资料证明业务真实性就可以。
需要签订一个三方协议或者委托付款协议，来作为母公司付款的支撑。
不过话说回来，为啥母公司非要替子公司付款呢？不能找把款项给子公司，子公司再付款吗？
一、按照《财政部 国家税务总局关于国有土地使用权出让等有关契税问题的通知》（财税〔2004〕134号）相关文件规定，应当缴纳契税。
二、关于追征期，若非偷税，则上述税额为三年；若为偷税，则无限期追征。按照税收征管法第六十三条规定，纳税人伪造、变造、隐匿、擅自销毁账簿、记账凭证，或者在账簿上多列支出或者不列、少列收入，或者经税务机关通知申报而拒不申报或者进行虚假的纳税申报，不缴或者少缴应纳税款的，是偷税。
三、关于滞纳金是否可以超过税款本金，建议直接与主管税务机关沟通一下。
是销售俩种不同商品？一种自产，一种外购？那就分别按俩种商品税率计算各自增值税。
铂略会员60619643