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根据1.《中华人民共和国个人所得税法》第四条 下列各项个人所得，免纳个人所得税：
一、省级人民政府、国务院部委和中国人民解放军军以上单位，以及外国组织、国际组织颁发的科学、教育、技术、文化、卫生、体育、环境保护等方面的奖金；
二、国债和国家发行的金融债券利息；
三、按照国家统一规定发给的补贴、津贴；
四、四、福利费、抚恤金、救济金；
五、保险赔款；
六、军人的转业费、复员费；
七、按照国家统一规定发给干部、职工的安家费、退职费、退休工资、离休工资、离休生活补助费；
八、依照我国有关法律规定应予免税的各国驻华使馆、领事馆的外交代表、领事官员和其他人员的所得；
九、中国政府参加的国际公约、签订的协议中规定免税的所得； 十、经国务院财政部门批准免税的所得。
第五条 有下列情形之一的，经批准可以减征个人所得税： 一、残疾、孤老人员和烈属的所得；
2.《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第十六条 税法第五条所说的减征个人所得税，其减征的幅度和期限由省、自治区、直辖市人民政府规定。
从这两个文件看，你公司发给残疾人的工资，不符合个人所得税法中第四条规定，可以通过当地地税机关批准，看能否减征个人所得税，减征多少，按你当地规定。
这个没有明确规定。只要如实开具，据实留存相关资料即可，比如上述批复，再就是拨款单据等。
其实，既然“组装该机器”，这其实就是“加工”、“生产”环节，并非研发活动，因此相关人员工资不应作为研发费用。
按照“财税〔2015〕119号”相关规定，研发活动，是指企业为获得科学与技术新知识，创造性运用科学技术新知识，或实质性改进技术、产品（服务）、工艺而持续进行的具有明确目标的系统性活动。人员人工费用是指直接从事研发活动人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘研发人员的劳务费用。
个人理解，仅供参考；您也可直接与主管税务机关沟通一下。
对于自用的地下建筑物，区分以下情况：
1、该地下建筑物独立于地上建筑物：
全年应纳税额＝应税房产原值×（1－扣除比例）×1.2%
注：工业用房产一般以房屋原价的50～60%作为应税房产原值，商业或其他用房产一般以房屋原价的70～80%作为应税房产原值，具体扣除比例，以各地要求为准。
2、该地下建筑物与地上建筑物相连：应将地下建筑物与地上房屋视为一个整体按照地上房屋建筑的有关规定计算征收房产税。
参考文件：财政部 国家税务总局关于具备房屋功能的地下建筑征收房产税的通知（财税[2005]181号）。
财税地字[1987]3号 财政部、国家税务总局关于房产税和车船使用税几个业务问题的解释与法规
一、关于“房产”的解释“房产”是以房屋形态表现的财产。房屋是指有屋面和围护结构（有墙或两边有柱），能够遮风避雨，可供人们在其中生产、工作、学习、娱乐、居住或储藏物资的场所。
根据你的描述及上述规定，您地下污水处理厂一层属于房产税缴纳范围应该按上述公式计算房产税，地下二层我个人理解不属于房产税纳税范围，但建议您和主管税局确认一下为妥。
铂略会员70530166