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其实，您的问题在于是否属于农产品并适用9%增值税税率，是吧？
按照《财政部 国家税务总局关于印发〈农业产品征税范围注释〉的通知》（财税字〔1995〕52号）相关定义，作为农产品的“蔬菜”，是指可作副食的草本、木本植物的总称。本货物的征税范围包括各种蔬菜、菌类植物和少数可作副食的木本植物。
经晾晒、冷藏、冷冻、包装、脱水等工序加工的蔬菜，腌菜、咸菜、酱菜和盐渍蔬菜等，也属于本货物的征税范围。
各种蔬菜罐头（罐头是指以金属罐、玻璃瓶和其他材料包装，经排气密封的各种食品）不属于本货物的征税范围。
您可根据产品实际情况，结合上述定义区分一下。
可以假设含税收入为X
那么X-X*80%*20%=3840,求解后X=4571.43
检测：4571.43*80%*20%=731.43
4571.43-731.43=3840
因此开票的价税合计金额应该为4571.43元。
根据您的描述，收取的400万属于保证金的性质，但您如果开具了发票，就需要缴纳增值税了。
后期再按比例红冲，再冲减增值税。
收到400万，根据资金性质，不属于 收入应该计入其他应付款科目更合适，但由于开具了发票，需要缴纳增值税，但不需要缴纳所得税。
建议您和对方协商不开具发票更合理。
是否含税，通常由合同约定。若合同未约定，则基于上述描述以及现实惯例（比如，您去商场买一件衣服，1000元，通常是指含税价，即您只需要支付1000元就行，无需另外加钱），视为含税。
增值税（销项税额）=利息÷（1+税率）×税率
另外，因为乃是关联企业，若利率偏高或者偏低，主管税务机关可以参照市场公允利率水平予以纳税调整。
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