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如果卖方是自然人（非经营者），偶然发生销售业务，则其按次计税；而若每次小于1000元，即符合免税条件，税率栏填写“免税”是对的——况且属于税务机关代开，自然不必担心。
但若为经营者（比如上述第三张发票），则其月度或者季度计税；即月度10万元以下或者季度30万元以下免征增值税。而每笔发生时，并不知道月末或者季末是否免征增值税，因此不应按照“免税”选择税率。
原则上问题不大。大类没有问题，小类虽有瑕疵，但适用税率相同。总体来看，此发票可以抵扣、扣除。
仅用工厂开单（内部单据）不够，存在合规瑕疵与税务风险。
合规入账的“四流合一”要求：销售公司作为独立法人，采购入库应有完整的合同、发票、物流/交付、资金链条。
工厂开单只是内部系统单据，不能替代销售公司的正式采购入库单。
必须取得工厂开具的增值税专用发票（或普通发票），且发票品名、数量、金额需与系统开单、实际流转一致。
虽然“公用销售系统、按天结算、无库存”，但销售公司仍需在账务上体现“采购→销售”过程，不能仅靠工厂单据跳过自身入库环节。
可能产生的税务风险：
若仅以工厂开单入账，缺乏独立入库确认，易被税务机关认定为证据链不完整，进销存数据与实际业务脱节，可能影响成本结转的税前扣除。
“无库存”模式（即“直运/委托代销”性质）需有明确业务实质：货物可能由工厂直接发客户，但法律权属需清晰（工厂→销售公司→客户）。若单据混同，可能导致收入确认主体不清（到底工厂直接卖客户，还是销售公司转售？），引发增值税、企业所得税的定性争议。
实务操作建议：销售公司应以工厂发票+自身系统生成的采购订单/入库单（即使当日即出）作为记账依据，工厂开单可作为附件，但不能唯一依赖。
建议启用（或总账中模拟进销存），完全只用总账系统风险较高。
虽然物理上无库存（直发），但销售公司作为中间贸易主体，必须核算库存商品（过渡）、主营业务成本。启用进销存（哪怕简化）能清晰记录：采购数量、单价（工厂结算价）、销售数量、结转成本，确保账实相符（账与系统、发票一致）。
税务上，税务机关常通过进销存比对（如增值税申报表、发票明细、库存变动）评估风险。无进销存模块，仅总账做“借：库存商品/贷：应付账款，借：主营业务成本/贷：库存商品”，若无数量核算，难以应对进销匹配核查，易被疑为“空转”或“买票”。
从税务合规与内控角度来看，存在税务风险。仅靠内部审批单，是效力比较低的内部证据，没有外部证据，一旦税务机关不认可，可能认定为“虚列成本”或“不合规支出”。
铂略会员70561054