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属于货物，一般纳税人13%。
可以假设含税收入为X
那么X-X*80%*20%=3840,求解后X=4571.43
检测：4571.43*80%*20%=731.43
4571.43-731.43=3840
因此开票的价税合计金额应该为4571.43元。
根据您的描述，收取的400万属于保证金的性质，但您如果开具了发票，就需要缴纳增值税了。
后期再按比例红冲，再冲减增值税。
收到400万，根据资金性质，不属于 收入应该计入其他应付款科目更合适，但由于开具了发票，需要缴纳增值税，但不需要缴纳所得税。
建议您和对方协商不开具发票更合理。
是否含税，通常由合同约定。若合同未约定，则基于上述描述以及现实惯例（比如，您去商场买一件衣服，1000元，通常是指含税价，即您只需要支付1000元就行，无需另外加钱），视为含税。
增值税（销项税额）=利息÷（1+税率）×税率
另外，因为乃是关联企业，若利率偏高或者偏低，主管税务机关可以参照市场公允利率水平予以纳税调整。
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