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高企资格认定后有效期为三年。在有效期内，主管部门（科技、财政、税务）会进行动态管理，研发费用占比指标是要计算近三年的整体占比情况，所以不至于本年不达标就直接取消高新资格，但可能影响下一次的重新认定。您需要提前审视原因，并在未来年度努力使指标回归正常范围。
另外即便不是高新，也可以享受研发加计扣除的。
25年未分配利润转增股本，这已经是事实。因此个人觉得，25年还是应当如实申报的。
根据“财政部 税务总局公告2026年第13号”相关规定，销售活动板房、机器设备、钢结构件等货物的同时提供的安装服务，适用货物的税率。因此，建议将上述合同拆分为“土建基础+土建办公楼”（9%）和“钢结构厂房的材料、制作、安装、运输”（13%）；否则，一并从高适用税率（13%）。
至于之前部分，则既然已经开票，则无需调整。
我理解是需要报送的。虽然您提及“是代收代付性质的商家”，但其实平台可能都是这种模式；即平台只是提供一个渠道，还是各商铺自行销售。所以平台应当全部报送全部经营者涉税信息。个人理解，仅供参考；您也可直接与主管税务机关沟通、确认一下。
一条小瑞芳