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个人股东或企业股东以无形资产出资没有什么太具体的要求。在会计上只需要做到依据会计法按公允价值核算就可以。在税收上只需要做到依法进行纳税申报就可以。
个人股东以无形资产入股涉及的税种有个人所得税、增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税、土地增值税（仅限土地使用权出资。）
企业股东以无形资产入股涉及的税种有企业所得税、增值税、城市维护建设税、教育费附加、地方教育附加、印花税、土地增值税（仅限土地使用权出资。）
税收优惠是肯定有的。相关的优惠有很多，例如财税【2015】41号文件、财税【2016】101号文件、财税【2014】116号文件，因为您提供的信息有限我无法一一列举。
按照公司法第四十八条、第四十九条相关规定，对作为出资的非货币财产应当评估作价，核实财产，不得高估或者低估作价。以非货币财产出资的，应当依法办理其财产权的转移手续。
税收方面，这属于股东将无形资产销售给公司，对价即为股权，因而涉及增值税、附加税费、印花税、企业所得税或者个人所得税等。同样，若以技术投资，则享受技术转让减免增值税、企业所得税等税收优惠政策。
这个文件适用“无形资产出资”。但是“无形资产出资”不仅适用于这个文件。如您所述，可以进行选择。技术成果入股也属于非货币性投资范畴，对于个人以技术成果投资人股的，给予更加优惠的政策（即“财税〔2016〕101号”文件）。
其实，您应将进项税额分为三部分（而不是两部分）：
一、明确用于免税项目，不得抵扣。
二、明确用于应税项目，可以抵扣。
三、无法确定的（您把这个放到第“二”了，是吧），按照公式区分：
不得抵扣的进项税额＝当期无法划分的全部进项税额×（当期简易计税方法计税项目销售额+免征增值税项目销售额）÷当期全部销售额
这个没有“计提”一说。
若销售时即已“折扣”，则直接以折扣后金额确认收入、开具发票、计提销项税额；若销售并开具发票、确认收入，而后发生“折扣”，则对于折扣金额红字冲销，并作负数会计分录（与收入确认分录一样，只是数字按照折扣金额负数来写）。
关于是否可以单独开具，并无直接规定；但是，税率必须与主商品保持一致，这个是明确的。
相关政策：
《中华人民共和国增值税暂行条例》第六条 销售额为纳税人发生应税销售行为收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第十二条 条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。
赞悦郎