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关于这个问题，有必要等待新的文件明确，或者与主管税务机关沟通一下。
因为增值税法取消了“5%”征收率；而“财税〔2016〕47号”文件则是规定“全额3%、差额5%”。也就是说，既然没有5%了，那这个差额规定是否继续执行，这个不太明确。
需要按照独立公允原则处理。比如甲公司、乙公司是关联企业；甲公司借了2个亿给乙公司，没有收利息，银行贷款利率4%，那就视为甲公司收到800万的利息，缴纳企业所得税。当然，如果双方税负完全相同。就是说，比如两个公司这年分别交了2000万的企业所得税；那可以不用调整。因为税收整体没有损失，一边多交，另一边就少交。
但是，如果双方税负不同，比如甲公司盈利、乙公司亏损，就必须进行纳税调整了。因为甲公司收了利息，需要交税；乙公司支付利息，还是亏损，这样税收整体就影响了。
预收款不发生增值税纳税义务。发货时一并确认即可。根据《中华人民共和国增值税法实施条例》第三十九条规定，增值税法第二十八条第一款第一项所称收讫销售款项，是指纳税人发生应税交易过程中或者完成后收到款项；取得销售款项索取凭据的当日，是指书面合同确定的付款日期，未签订书面合同或者书面合同未确定付款日期的，是指应税交易完成的当日，即货物发出、服务完成、金融商品所有权转移、无形资产转让完成或者不动产转让完成的当日。
按照“财政部 税务总局公告2026年第9号”附件2《销售服务、无形资产、不动产注释》相关定义：
无运输工具承运业务，按照交通运输服务缴纳增值税。
无运输工具承运业务，是指经营者以承运人身份向托运人或旅客提供运输服务，收取运费并承担承运人责任，然后委托实际承运人完成运输服务的经营活动。
如果业务真实，依照税法规定如实申报纳税，那也不会涉及税务问题。
之云公子