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您描述的业务属于混合销售，就是包含运输服务的货物销售，一般情况下，应该按混合销售开具发票，您是以销售货物为主要业务，所以应该按120开具货物税率税目的发票。
实操中，确实在合同中如果分开约定货款和运输费的情况下，有的地方允许分别开票，但这个还是比较有争议的，建议如果想这样开票和主管税务沟通一下。
确实，以上风险都有可能存在，您公司财务上述担心并非空穴来风。另外，此种操作还可能涉及税务（个税、增值税）、外汇监管、金融等方面的法律风险，因而导致相关部门核查、稽查或者司法调查也是很有可能。
个人所得税由支付方代扣代缴。根据《中华人民共和国个人所得税法》第九条规定，个人所得税以所得人为纳税人，以支付所得的单位或者个人为扣缴义务人。
根据《国家税务总局关于个人所得税偷税案件查处中有关问题的补充通知》（国税函发〔1996〕602号）第三条规定：“扣缴义务人的认定，按照个人所得税法的规定，向个人支付所得的单位和个人为扣缴义务人。由于支付所得的单位和个人与取得所得的人之间有多重支付的现象，有时难以确定扣缴义务人。为保证全国执行的统一，现将认定标准规定为：凡税务机关认定对所得的支付对象和支付数额有决定权的单位和个人，即为扣缴义务人。”
也就是说，如果总包方既不向个人直接支付工资，也对于“支付对象和支付数额”并无决定权，则不应履行代扣代缴个人所得税之义务。
可以作为一项补贴，自制表格单据列支。
另外，根据《征收个人所得税若干问题的规定》（国税发〔1994〕89号）相关规定，正常的、符合标准的误餐补助，免征个人所得税。
Calvin Milton