你设想的“收入以及费用支出都走总公司”，在企业所得税层面可以部分实现（汇总纳税、就地预缴），但在增值税层面，现行规则不支持跨省非独立核算分公司完全不就地申报。

跨省总分公司，增值税原则上应在经营地就地申报缴纳，除非经过税务机关批准实行汇总缴纳。绝大多数企业的非独立核算分公司并未办理该项批准手续，不能仅凭“非独立核算”就由总公司统一申报。判断标准不是“是否独立核算”，而是有没有独立的应税交易和独立的开票行为。广州分公司实际提供门诊服务、产生应税交易，却不在广州申报增值税，存在被要求就地补申报、加收滞纳金的风险，且总公司已缴税款不能简单抵免。

此外，医疗服务虽有一定增值税免税政策，但免税资格的享有主体、备案主体仍需与业务执行主体对应，不能由总公司“代享”分公司的免税待遇。

如果广州分公司实际执行门诊服务，但资质在总公司（分公司一般情况下不能单独取得医疗资质）、开票收款也在总公司，而分公司在增值税上又不就地申报，那么业务流、资质主体、纳税主体三者之间不一致属于税收疑点。

建议：1、总公司持有广州门诊资质，广州分公司作为运营/用工平台。以总公司名义在广州申办门诊（或与当地已有资质机构合作），资质、收入、发票、纳税主体统一在总公司；广州分公司仅承担人员劳动关系、社保缴纳和行政辅助职能，不确认门诊业务收入，也不作为医疗服务的纳税主体。2、广州设立子公司持有门诊资质，上海总公司作为投资和管理平台。子公司独立承担门诊的资质、收入、纳税和用工，社保自然也落在子公司。

区分员工岗位，计入相应成本费用科目。

借：应付职工薪酬——大额医疗
  贷：银行存款
借：生产成本、管理费用等

  贷：应付职工薪酬——大额医疗

需要看具体合同内容，如果是你公司获得的是软件的有限使用权（非所有权转让），实务主流口径倾向于按“技术合同”税目处理，税率为使用费的万分之三，如果这笔费用不涉及软件授权本身，而仅仅是软件上线后的运维、故障处理或版本更新服务，这属于一般性信息技术服务，不属于印花税列举的应税合同，不需要缴纳。

目前缴纳生育保险情况下，该员工工资是由生育保险支付的。

 收到社保生育津贴

借：银行存款

贷：应付职工薪酬-生育津贴

 发放给员工

借：应付职工薪酬-生育津贴

    管理费用/销售费用-福利费 （如果要企业补差额的话）

贷：银行存款 （实际发到员工手里的金额）

    其他应收款 （之前已经提前发了部分工资的话）

     其他应付款（个人社保）

    应交税费-个税

社保

借：管理费用/制造费用-社保（单位承担部分）

贷：应付职工薪酬-社保单位部分

借：应付职工薪酬-社保单位部分

       其他应付款 （从员工津贴里扣的个人部分）

贷：银行存款

符合，只要单日不超过1000元，即属于“小额零星”，可以不用发票的。

机票的数电发票是开给用户的就可以抵扣，如果是旅行社开具的经纪代理服务发票专票也可以抵扣。

如上所述，分公司使用总公司的房产运营，需要与总公司签订租赁合同，总公司需要确认租赁收入，房产税从租计征。

是的，母子公司是两个独立的法人主体，需要按照公平交易的原则签订合同，确认租赁收入，并且按照租金来缴纳房产税。

上面图片看不清楚，您可以重新上传一下；您也可补充一下，对于上述补贴，公司是否必须如数支付给相关人员，公司有无变更权力？

不需要。

如上所述，您公司既没有向“小偷”销售原材料，也没有视同销售（无偿赠送）给“小偷”，因此不发生增值税应税行为。（当然，企业所得税是需要缴纳的。）

个人理解，仅供参考；您也可直接与主管税务机关沟通、确认一下。

没有需要特别注意的，据实申报即可。关键在于实事求是。