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兼并重组
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毫无疑问，存在涉税风险。
根据《中华人民共和国税收征收管理法》第三十六条规定，企业或者外国企业在中国境内设立的从事生产、经营的机构、场所与其关联企业之间的业务往来，应当按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用；不按照独立企业之间的业务往来收取或者支付价款、费用，而减少其应纳税的收入或者所得额的，税务机关有权进行合理调整。
您好，
若境外合并导致原股东对深圳公司的间接持股终止，可能被中国税务机关视为股权转让，需就股权转让所得缴纳企业所得税（税率通常为10%）。
建议阅读国税函[2009]601号，判断该境外股东是否是一个持有境内股权的“导管”公司。
如并非导管公司，境外公司股东的股权变更，中国是没有征税权的。
601号文主要条款：
二、在判定“受益所有人”身份时，不能仅从技术层面或国内法的角度理解，还应该从税收协定的目的（即避免双重征税和防止偷漏税）出发，按照“实质重于形式”的原则，结合具体案例的实际情况进行分析和判定。一般来说，下列因素不利于对申请人“受益所有人”身份的认定：
（一）申请人有义务在规定时间（比如在收到所得的12个月）内将所得的全部或绝大部分（比如60%以上）支付或派发给第三国（地区）居民。
（二）除持有所得据以产生的财产或权利外，申请人没有或几乎没有其他经营活动。
（三）在申请人是公司等实体的情况下，申请人的资产、规模和人员配置较小（或少），与所得数额难以匹配。
（四）对于所得或所得据以产生的财产或权利，申请人没有或几乎没有控制权或处置权，也不承担或很少承担风险。
（五）缔约对方国家（地区）对有关所得不征税或免税，或征税但实际税率极低。
（六）在利息据以产生和支付的贷款合同之外，存在债权人与第三人之间在数额、利率和签订时间等方面相近的其他贷款或存款合同。
（七）在特许权使用费据以产生和支付的版权、专利、技术等使用权转让合同之外，存在申请人与第三人之间在有关版权、专利、技术等的使用权或所有权方面的转让合同。
针对不同性质的所得，通过对上述因素的综合分析，认为申请人不符合本通知第一条规定的，不应将申请人认定为“受益所有人”。
您所谓的备案是在哪里备案呢？如果是国资委的备案，不会有税务风险，但是如果没做工商变更，没有取得股权转让环节的完税证明，，转出方当期有所得税风险，转入方则没有股权的初始价值。且没有取得实质性股权
其实，“股权”就是一项财产，与到市场买一件衣服一样，比如商场要卖1000元，您说不值，问500元行不行，最好800元成交。就是这个道理。当然，对于是否值钱，您购买时可以进行公司资产评估，来确定价格。
股东是自然人还是企业法人？自然人股东转让股权如果大于原投资成本按20%计算个税，企业法人取得转让收益并入应纳税所得额计算企业所得税，另外股权转让还涉及印花税。
自然人退股和股权转让计算个税是一样的
法人股东从被投资企业撤资，新股东投资入股被投资企业。投资企业从被投资企业撤回或减少的投资，相当于初始出资的部分，应确认为投资收回；相当于被投资企业累计未分配利润和累计盈余公积按减少实收资本比例计算的部分，应确认为股息所得；其余部分确认为投资资产转让所得，以此减少企业的股权转让所得。—（税务总局公告2011年第34号）
法人股东如果被投资企业存在未分配利润和盈余公积的情况下，撤资退股比股权转让节税。
对于这个问题很难说清楚到底应该选择哪个方案。作为一个老的税务工作者，按照您提供的有限信息非得让我选一个的话，我会选择“B吸收合并A”这个方案。具体原因如下：
1、方案2，注销A的税务登记时，税务机关要对近几年的纳税情况进行检查。咱们的纳税情况不可能一点问题都没有吧。
2、方案2，注销A要处置A的剩余资产（例如机器设备、土地使用权）。剩余资产的处置会产生一笔较大的税款。尤其是对不动产的处置。
3、由于A是工厂，设备专用型比较高，在处置时产生损失的金额往往会比较高。
4、“B吸收合并A”的方式产生的税费是比较低的。因为企业合并注销A的税务登记，税务机关一般也不做税务检查。
5、选择方案2，职工的安置需要一笔费用。
当然，仅考虑税务事项，对于决定采用方案1还是方案2那肯定是不够的。还应当考虑下列事项：
1、A和B的业务在市场竞争中是否存在协同作用、互补作用，如果存在采用方案1可能更有利。
2、A公司是否属于资不抵债的情况。如果属于那么采用合并的方式会拖累B公司的经营，还不如对A公司进行破产处理。
3、A公司的净资产，与B合并后按照持续经营模式进行价值评估和按照清算模式进行价值评估，哪个价值更高？
因为您给的信息特别有限，所有我只能给您这些建议。如果您还不满意，您可以在追问环节向我提供更为详细的资料，然后我再进行追答。更为丰富的信息包括但不限于：
1、A公司、B公司实际的经营范围。
2、A公司的资产、负债、人员情况。
3、A公司实施的税务合规情况。
1.国家税务总局关于非居民企业股权转让适用特殊性税务处理有关问题的公告，国家税务总局公告2013年第72号，根据《中华人民共和国企业所得税法》及其实施条例、《财政部 国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税〔2009〕59号，以下简称《通知》）的有关规定，本公告所称股权转让是指非居民企业发生《通知》第七条第（一）、（二）项规定的情形；其中《通知》第七条第（一）项规定的情形包括因境外企业分立、合并导致中国居民企业股权被转让的情形。
2.非居民企业资产收购适用特殊性税务处理的情形是母公司向子公司转让中国居民企业的股权。如果非居民企业吸收合并其100%直接控股的另一非居民企业导致中国居民企业股权被转让，不能适用特殊性税务处理。
这个想法不可以的。因为发票开具必须据实，原业务发票既然已经开具，自然不能重新开票。现在只是债务承担人发生转移，并未有发生新的销售活动，因此不能重新开票。况且，再退一步说，即使红冲（这是前提）重开，那也得开给原先的实际购买方。
所谓“公允”，主要基于市场原则。打个比方，若无关联关系，年租金100万，那您租60万或者150万，就是不公允。也说是说，不要和自己比（所谓“上浮20%”，这个基数源于自己），而是和别人家比。当然，若无可比对象，可将此价格与主管税务机关沟通。
请您补充一下，A公司、B个人分别实际拿到公司多少钱？
一般而言，最主要就是资产负债表、资产清单，当然，通常会有相当比例非货币资产，那就要进行资产评估、提供评估报告了。另外，相关合同、协议也是需要提供。
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