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这个情况存在稽查风险。
如上所述，既然属于软件产品，适用13%税率是正确的，因而开具6%发票则属于开票错误。而对于相同产品，适用不同税率，可能导致税收预警，引发税务稽查可能。
一、根据“国家税务总局公告2019年第45号”第七条规定，纳税人取得的财政补贴收入，与其销售货物、劳务、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩的，应按规定计算缴纳增值税。纳税人取得的其他情形的财政补贴收入，不属于增值税应税收入，不征收增值税。
若上述“贴息”与公司销售收入或者数量无关，则无须缴纳增值税。
二、根据《财政部 国家税务总局关于专项用途财政性资金企业所得税处理问题的通知》（财税〔2011〕70号）第一条规定，企业从县级以上各级人民政府财政部门及其他部门取得的应计入收入总额的财政性资金，凡同时符合以下条件的，可以作为不征税收入，在计算应纳税所得额时从收入总额中减除：
（一）企业能够提供规定资金专项用途的资金拨付文件；
（二）财政部门或其他拨付资金的政府部门对该资金有专门的资金管理办法或具体管理要求；
（三）企业对该资金以及以该资金发生的支出单独进行核算。
也就是说，是否作为企业所得税不征税收入，取决于能否同时满足上述三个条件。
甲公司如果是有限责任公司的话，确切的说，不是免税，是因为两个公司所得税税率相同，不需要再重复缴纳，缴税与否与分红方式无关，是针对税后利润的一种分配，其在被投资公司分红为该公司企业所得税已完税利润，故不需要再补交企业所得税
是的，收取员工这个罚款，作为营业外收入即可。实际工作中，大家通常也是这么进行账务处理的。
如果这些费用的发票，由上游供水供电、打扫卫生、提供服务的公司直接开具给下游付款方，您公司可以按照代收代付处理，无需确认收入。反之，如果上游开具发票给您公司，您公司再给下游付款方开票，则对于您公司而言，属于“一买一卖”（和商场商店类似），即应确认收入，并以向上游支付款项作为对应成本。
关于这个问题，应当按照如下原则办理：
一、对于能够明确区分的，用于一般计税项目的可以抵扣，用于简易计税项目的不得抵扣。
二、对于不能明确区分的，则按照销售额比例进行划分。
会计方面，自行估计使用期限，分期折旧即可。
税法方面，由于防火门必须附着于房屋建筑物，因而应当将之并入房屋建筑物价值，一并计提折旧。作为房屋建筑物，则税法折旧年限不应低于20年。
因此产生税法、会计差异，则需要进行纳税调整处理。
个人理解，仅供参考；您也可直接与主管税务机关沟通一下。
只有非正常损失对应的进项税额才需要转出。非正常损失是指因管理不善或违反法律法规导致的货物被盗、丢失、霉烂变质，或被依法没收、销毁、拆除的损失。
您说的情形不属于得非正常损失，不需要转出进项税额。
一 、根据《中华人民共和国增值税暂行条例》(国务院令第691号)第十条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、劳务、服务、无形资产和不动产;(二)非正常损失的购进货物，以及相关的劳务和交通运输服务;(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、劳务和交通运输服务;(四)国务院规定的其他项目。
二、根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》(财税〔2016〕36号)文件附件一《营业税改征增值税试点实施办法》第二十七条规定，下列项目的进项税额不得从销项税额中抵扣：(一)用于简易计税方法计税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物、加工修理修配劳务、服务、无形资产和不动产。其中涉及的固定资产、无形资产、不动产，仅指专用于上述项目的固定资产、无形资产(不包括其他权益性无形资产)、不动产。纳税人的交际应酬消费属于个人消费。(二)非正常损失的购进货物，以及相关的加工修理修配劳务和交通运输服务。(三)非正常损失的在产品、产成品所耗用的购进货物(不包括固定资产)、加工修理修配劳务和交通运输服务。(四)非正常损失的不动产，以及该不动产所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。(五)非正常损失的不动产在建工程所耗用的购进货物、设计服务和建筑服务。纳税人新建、改建、扩建、修缮、装饰不动产，均属于不动产在建工程。(六)购进的贷款服务、餐饮服务、居民日常服务和娱乐服务。(七)财政部和国家税务总局规定的其他情形。本条第(四)项、第(五)项所称货物，是指构成不动产实体的材料和设备，包括建筑装饰材料和给排水、采暖、卫生、通风、照明、通讯、煤气、消防、中央空调、电梯、电气、智能化楼宇设备及配套设施。
如果发生上述情形且已经抵扣进项税额，需要转出处理。
一、货运代理相关政策：1.《中华人民共和国增值税暂行条例》（中华人民共和国国务院令538号）第六条 销售额为纳税人销售货物或者应税劳务向购买方收取的全部价款和价外费用，但是不包括收取的销项税额。
《 中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》（中华人民共和国财政部国家税务总局令第50号）第十二条，条例第六条第一款所称价外费用，包括价外向购买方收取的手续费、补贴、基金、集资费、返还利润、奖励费、违约金、滞纳金、延期付款利息、赔偿金、代收款项、代垫款项、包装费、包装物租金、储备费、优质费、运输装卸费以及其他各种性质的价外收费。下列项目不包括在内：
(1)受托加工应征消费税的消费品所代收代缴的消费税；
(2)同时符合以下条件的代垫运输费用：
①承运部门的运输费用发票开具给购买方的；
②纳税人将该项发票转交给购买方的。
(3)同时符合以下条件代为收取的政府性基金或者行政事业性收费：
①由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费；
②收取时开具省级以上财政部门印制的财政票据；
③所收款项全额上缴财政
2、财税[2013]106号附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》 第一条（十四）纳税人提供的国际货物运输代理服务，免增值税。
3、《国家税务总局关于国际货物运输代理服务有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第42号） 第二条规定：试点纳税人提供上述国际货物运输代理服务，向委托人收取的全部代理服务收入，以及向其他代理人支付的全部代理费用，必须通过金融机构进行结算。
二、货运代理业务的税收分析
1、代垫运输费用不征增值税的条件
根据以上法律依据，从事运输代理业的纳税人代收的船运费同时符合以下条件的，属于代垫运输费用，不按价外费用并入销售额征收增值税。
（1）承运部门（运输公司）的运输费用发票开具给运输服务购买方（运输委托人）；
（2）纳税人（货物运输代理人）将该项运输发票转交给运输服务购买方（运输委托人） 的。
2、符合以下条件向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费的政府性基金或者行政事业性收费不征收增值税：
（1）由国务院或者财政部批准设立的政府性基金，由国务院或者省级人民政府及其财政、价格主管部门批准设立的行政事业性收费；
（2）收取时开具省级以上财政部门印制的财政票据；
（3）所收款项全额上缴财政
3、货物运输代理业务销售额的确定
根据财税[2013]106号附件3的规定，货物运输代理业务销售额按照以下方法确定
（1）试点纳税人中的一般纳税人提供国际货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除支付给国际运输企业的国际运输费用后的余额为销售额。
（2）试点纳税人提供货物运输代理服务，以其取得的全部价款和价外费用，扣除向委托方收取并代为支付的政府性基金或者行政事业性收费后的余额为销售额。
4、国际货物运输代理服务免增值税的范围
根据财税[2013]106号附件3：《营业税改征增值税试点过渡政策的规定》 第一条（十四） 和《国家税务总局关于国际货物运输代理服务有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第42号）的规定，纳税人提供的国际货物运输代理服务，免增值税的范围：只限于直接或间接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续。国际货代业国内段的托运、仓储、分拔，代理报关等业务，无法享受免税政策。
三、货运代理的发票开具
1、货物运输代理人向委托方收取的政府性基金或者行政事业性收费，不得开具增值税专用发票，在收取时代付时，由当地财政部门开具以运输委托人抬头的省级以上财政部门印制的财政票据。
2、从事运输代理业的纳税人（货物运输代理人），对不并入销售额征收增值税的代垫运输费用，不得向运输服务购买方(委托运输人)开具发票，但应开具收据， 财务上挂“其他应付款”，付给运输公司或承运人时，冲减“其他应付款”，对并入销售额征收增值税的代垫运输费用，应向向运输服务购买方(委托运输人)开具代理业务的增值税专用发票。
3、对不并入货物运输代理人销售额征收增值税的代垫运输费用，应由运输公司或运输承运人直接向运输委托人（运输劳务购买人）开具运输业11%税率的运输业增值税专用发票。
4、货物运输代理人向运输委托人收取的代理费，直接向运输委托人（运输劳务购买人）开具运输代理业6%税率的增值税专用发票。
5、纳税人提供的国际货物运输代理服务，免增值税。委托方索取发票的，试点纳税人应当就国际货物运输代理服务收入向委托方全额开具增值税普通发票。
6、有自有车辆且具备营运资质的货运代理企业，可以开具货物运输业增值税专用发票。没有自有车辆的只从事代理的货运代理企业，不得开具货物运输业增值税专用发票。
7、在发票上开“代理运费”的增值税发票不可以抵扣。举例， 某公司出口货物委托国际货运代理公司办理运输，国际货运代理公司开具6%税率的增值税专用发票，发票上的货物或应税劳务名称为“代理运费”。按照开票要求，只能开“代理费”的发票，开成“代理运费”属于开具不规范的行为，不能抵扣增值税进项税。
四、其他。《关于国际货物运输代理服务有关增值税问题的公告》（国家税务总局公告2014年第42号）规定，试点纳税人通过其他代理人，间接为委托人办理货物的国际运输、从事国际运输的运输工具进出港口、联系安排引航、靠泊、装卸等货物和船舶代理相关业务手续，可按照《财政部 国家税务总局关于将铁路运输和邮政业纳入营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2013〕106号）附件3第一条第（十四）项免征增值税。也就是说，间接提供国际货物运输代理服务和直接提供国际货物运输代理服务同样适用（财税〔2013〕106号）附件3第一条第（十四）项文件。但部分纳税人混淆国内运输服务与国际运输服务的概念，认为《国家税务总局公告2014年第42号公告》规定免征增值税，允许纳税人开具的增值税普通发票为零税率。这导致纳税人自行扩大免税范围，将国内区间货物运输的征税收入也并入免税收入，扰乱了国内运输业的正常纳税秩序。同时，在CIF价转换FOB价时也存在减除海运费不准确情况，导致报关单的海运费金额与实际收取金额不符，造成出口收入计算不准确，影响本期收益。其次，部分纳税人扩大了国际运输服务范畴，将国内运输业务、仓储业务一同计入到了国际运输当中，并开具零税率增值税普通发票，并且不同级别的代理公司间将国内运输费、仓储费、装卸费及国际海运费层层加价，海运公司实际收取的金额要小于报关单上的海运费记载金额。这种操作实际上是将各种费用的代收代付性质变成了经营性质，不应属于免税收入。
由于“国际货物运输代理服务业”开具零税率的增值税普通发票，目前缺乏对该行业税收政策统一正确认识，形成纳税人任意扩大增值税普通发票适用范围，容易造成虚开发票行为。
收取国内运输费、装卸费、仓储费等款项时，如果各级国际货物运输代理公司开具以上项目的发票，都要按上述项目所适用的税率开具增值税专用发票（相对应进项税进行抵扣）；如果为代收代付款项的，由承接业务单位直接向出口货物单位开具增值税专用发票或相应票据，各级代理之间利用发票复印件作为记账凭据、在其他应收应付科目核算，并且每级代理必须通过金融机构进行结算，所代收代付的金额也与发票金额一致。
国内运输、仓储等劳务费与代理手续费要单独核算，如果不能分开核算，代理服务业服务收入必须单独核算，单独开具零税率的增值税普通发票，不应与国内运输费、装卸费、仓储费等混合开具发票。
关于这个问题，我们可以参考一下国家税务总局广西壮族自治区税务局相关答复（回复时间： 2025-03-25）：
依据财税〔2006〕10号 第一条：企事业单位按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，免征个人所得税;个人按照国家或省(自治区、直辖市)人民政府规定的缴费比例或办法实际缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，允许在个人应纳税所得额中扣除。
企事业单位和个人超过规定的比例和标准缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费和失业保险费，应将超过部分并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
由于大额医疗保险费不属于基本医疗保险，因此，不能在个人所得税税前扣除。
另外，2013年02月04日国家税务总局纳税服务司也有类似答复：《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第二十五条规定，单位为个人缴付和个人缴付的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、住房公积金，从纳税义务人的应纳税所得额中扣除。大病医疗保险金不属于个人所得税法实施条例里列举的基本保险类，由于目前未有相应的政策规定，因此不允许在个人所得税前扣除，需要并入个人当期的工资、薪金收入，计征个人所得税。
