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一、计算、扣缴个人所得税，与资金来源没有直接关系。
关键在于是否与“任职或者受雇”有关。按照《中华人民共和国个人所得税法实施条例》第六条相关定义，工资、薪金所得，是指个人因任职或者受雇取得的工资、薪金、奖金、年终加薪、劳动分红、津贴、补贴以及与任职或者受雇有关的其他所得。
打个比方，无论上述资金上转还是自筹，如果您是路人，不在这个单位上班，肯定不会给您；是因为您在这儿上班（当然也许还有其他条件，但这是必要条件之一）而给您的。
二、是否合并工资薪金，还是单独作为“全年一次性奖金”计税，可以自行决定；但是，“全年一次性奖金”计税一年只能使用一次。
根据《财政部 税务总局关于个人所得税法修改后有关优惠政策衔接问题的通知》（财税〔2018〕164号）一、（一）居民个人取得全年一次性奖金，符合《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发〔2005〕9号）规定的，在2021年12月31日前，不并入当年综合所得，以全年一次性奖金收入除以12个月得到的数额，按照本通知所附按月换算后的综合所得税率表，确定适用税率和速算扣除数，单独计算纳税。计算公式为：
应纳税额＝全年一次性奖金收入×适用税率－速算扣除数
居民个人取得全年一次性奖金，也可以选择并入当年综合所得计算纳税。
根据《国家税务总局关于调整个人取得全年一次性奖金等计算征收个人所得税方法问题的通知》（国税发[2005]9号）三、在一个纳税年度内，对每一个纳税人，该计税办法只允许采用一次。
借：银行存款 10000
贷：预收账款 10000
那个所谓“4000”，只是一个数字而已。比如客人来吃饭，吃了14000（这只是“标价”而已，其实就是10000元成交的），那就不用另外拿钱了；其实就是吃了10000元。
借：预收账款 10000
贷：主营业务收入、应交税费——应交增值税（销项税额）10000
打个比方：包子标价1元1个，您收了10000元，卖了14000个，只是包子“标价”只是“标价”而已，实际按照0.71元卖的。
既然“作了进项税额转出”，也就是说，这个进项税额不得抵扣，理应确认费用；那么，您2018年度全额确认费用，从结果上来讲是正确的。
当然，如果非要体现进项税额认证、转出这个过程，则可以作如下分录。
借：应交税费——待认证进项税额
贷：以前年度损益调整
借：应交税费——应交增值税（进项税额）
贷：应交税费——待认证进项税额
借：以前年度损益调整
贷：应交税费——应交增值税（进项税额转出）
根据《中华人民共和国企业所得税法》第五条：企业每一纳税年度的收入总额，减除不征税收入、免税收入、各项扣除以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
打个比方：您买了辆车，50万，分五年折旧，会计折旧金额就是10万。而税法规定可以一次扣除，则税收金额可以填写50万。二者差异40万，本年作为纳税调减，以后四年纳税调增，每年10万。
对于2019年度来讲，当然调增10万。但是，您应当修正2018年度纳税申报表，对于2018年度进行纳税调增并进行相应处理。
首先需要强调的是，我们需要根据真实业务进行开票处理，而不是根据税率高低来选择开票税目。
其次你说的开具机械使用费或者机械租赁费，这只是具体的开票名称，但选择税目的时候都是按照经营租赁这个税目开具的，税率是相同的
再有根据你的描述是租赁机械，不是货物运输，无法签订运输合同。
1、如果股东也是公司员工，可以适当将分红改变为工资薪酬或者奖金形式，只要适用税率低于20%，对于个人就是有利的，而且，如果转换为工资或者奖金，企业应纳税所得额也降低，企业所得税也会减少一些。
2、通过重塑架构，成立合伙企业等形式成为公司股东，同时将合伙企业设立在税收洼地。
您不必纠结于此。
打个比方：预收租金，账上计入“预收账款”，但增值税纳税申报表也是“销售额”；处置固定资产，账上通过固定资产清理、资产处置损益、营业外收入等科目核算，增值税申报表也是“销售额”。账务处理与税务处理本来就是两回事；依照会计规定进行账务处理，依法税法规定进行税务处理即可。
一、增值税
一般纳税人转让其2016年4月30日前自建的不动产，可以选择适用简易计税方法计税，以取得的全部价款和价外费用为销售额，按照5%的征收率计算应纳税额。
二、附加税费：按照增值税一定比例附征
三、印花税：万分之五
四、土地增值税
转让房地产所取得的收入减除规定扣除项目金额后的余额，为增值额。实行30%、40%、50%、60%四级超率累进税率。
五、企业所得税：一般企业所得税税率25%。
关键在于业务真实。比如说，您确实属于缴纳2019年度通讯费，只是发票由于特殊原因开具晚了，这倒影响不大（无论何种原因，晚开发票只能视为弥补之前未开过失；否则，如果客观实际晚了，难道不能补救了）。您也可直接与主管税务机关沟通一下。
参考《中华人民共和国发票管理办法实施细则》第二十八条规定，单位和个人在开具发票时，必须做到按照号码顺序填开，填写项目齐全，内容真实，字迹清楚，全部联次一次打印，内容完全一致，并在发票联和抵扣联加盖发票专用章。
《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》(财政部 国家税务总局第50号令)
第四条 单位或者个体工商户的下列行为，视同销售货物:(三)设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售，但相关机构设在同一县(市)的除外; (八)将自产、委托加工或者购进的货物无偿赠送其他单位或者个人。
《国家税务总局关于企业所属机构间移送货物征收增值税问题的通知》(国税发[1998]137号)
目前，对实行统一核算的企业所属机构间移送货物，接受移送货物机构(以下简称受货机构)的经营活动是否属于销售应在当地纳税，各地执行不一。经研究，现明确如下:《中华人民共和国增值税暂行条例实施细则》第四条视同销售货物行为的第(三)项所称的用于销售，是指受货机构发生以下情形之一的经营行为:
一、向购货方开具发票;
二、向购货方收取货款。
受货机构的货物移送行为有上述两项情形之一的，应当向所在地税务机关缴纳增值税;未发生上述两项情形的，则应由总机构统一缴纳增值税。如果受货机构只就部分货物向购买方开具发票或收取货款，则应当区别不同情况计算并分别向总机构所在地或分支机构所在地缴纳税款。
这是有关资产划拨能查到的文件依据，但我理解这里说的是货物，而您提问的是固定资产，所以该文件能否适用，需要和当地税务机关探讨。
我个人更倾向于视同销售缴纳增值税，因为如果各机构实行独立核算，由于流转税属于非法人税，故该调拨行为属于销售行为:如果有偿调拨货物，则按照正常的销售行为计算缴纳增值税，调拨价格偏低且没有正当理由的，税务机关有权予以调整;如果无偿划拨资产，则按照视同销售行为计算缴纳增值税，计税依据参考相关法律法规即可。所以不管是总分公司还是母子公司，在增值税上都是独立的纳税主体，所以无偿调拨行为应该视同缴纳增值税。
在企业所得税上，现行企业所得税为法人所得税制，法人公司为企业所得税纳税义务人，分公司不属于企业所得税纳税义务人。根据《国家税务总局关于企业处置资产所得税处理问题的通知》（国税函〔2008〕828号）的规定，企业处置资产时，只有改变资产权属时才需要作视同销售处理，如果产权不发生改变，就不用作视同销售处理。你公司将固定资产调拨给分公司使用，但资产权属并未发生改变，只不过是资产的位置发生了转移而已，所以，在企业所得税上，也不应当视同销售处理。母子公司之间调拨固定资产也应该按照以上文件处理，如果已经办理产权变更就需要视同销售缴纳所得税，否则不需要。
总分公司分录：调入方
借：固定资产清理
应交税费——应交增值税
贷：内部往来
调出方 借：内部往来
固定资产清理
应交税费-应交增值税
母子公司之间内部往来科目，替换成往来科目就可以了。
所得税对于成本费用扣除遵循基本原则就是：与取得收入相关的、合理的支出允许税前扣除，因此只要你发生的这些费用因为业务需要而发生，是真实的，同时做好相应的记录留存其他证明资料，即使没有住宿费用，作为差旅费报销，也不会产生税收风险。
